Первый семестр

На главную

  1. Последовательность белка в формате FASTA:

    >SACB_BACSU
    MNIKKFAKQATVLTFTTALLAGGATQAFAKETNQKPYKETYGIHITRHDMLQIPEQQKNEKYQVPEFDSS TIKNISSAKGLDVWDSWPLQNADGTVANYHGYHIVFALAGDPKNADDTSIYMFYQKVGETSIDSWKNAG RVFKDSDKFDANDSILKDQTQEWSGSATFTSDGKIRLFYTDFSGKHYGKQTLTTAQVNVSASDSSLNINGV EDYKSIFDGDGKTYQNVQQFIDEGNYSSGDNHTLRDPHYVEDKGHKYLVFEANTGTEDGYQGEESLFNKA YYGKSTSFFRQESQKLLQSDKKRTAELANGALGMIELNDDYTLKKVMKPLIASNTVTDEIERANVFKMNG KWYLFTDSRGSKMTIDGITSNDIYMLGYVSNSLTGPYKPLNKTGLVLKMDLDPNDVTFTYSHFAVPQAKG
    NNVVITSYMTNRGFYADKQSTFAPSFLLNIKGKKTSVVKDSILEQGQLTVNK

  2. Длина последовательности - 473 a.o.
  3. Молекулярная масса белка -52912 a.е.м.Подробнее - см. лист MW книги SAC_BACSU_aa.xls
  4. Аминокислотный состав
    Аминокислота Частота
    A 0,06
    C 0,00
    D 0,08
    E 0,04
    F 0,05
    G 0,07
    H 0,02
    I 0,05
    K0,09
    L 0,07
    M 0,02
    N 0,07
    P 0,03
    Q 0,05
    R 0,02
    S 0,08
    T 0,08
    V0,05
    W 0,01
    Y0,05

    Самые частые аминокислотные остатки - лизина. Самые редкие - цистеина.

    Вычисления - на листе aa_frequences книги SACB_BACSU_aa.xls с помощью функции СЧЕТЕСЛИ.

  5. Средний электрический заряд молекулы белка

    q=nArg+nLys+0.5nHis-nGlu-nAsp=0,5 е (c помощью функции СУММ)

  6. Cравнение со средним аминокислотным составом белков Bacillus Subtilis и аминокислотным составом мембранных белков данной бактерии.

    На каждой диаграмме 1 - доля явно гидрофобных аминокислот, 2 - явно гидрофильных, 3 - не явно гидрофильных или гидрофобных.

    Вывод: это далеко не мембранный белок. Его состав сходен с составом среднего белка из протеома.

© Братцева А.Л.