Шестой семестр

Анализ молекулярной динамики биологических молекул в GROMACS

Утряска воды

Файл b_s.pdb:

Файл b_pr.pdb: структура выглядит менее упорядоченной, чем в b_s.pdb.

Анализ файла b_pbc_1.pdb

Файл содержит такую структуру:

Видео
Максимальный номер модели, упоминающийся в файле - 45, что соответствует времени 22000.00000 фс.

Площадь ячейки, гидрофильная и гидрофобная поверхности, меры порядка

Было получено значение площади ячейки: 0,780216582.

При расчете меры порядка значение времени 45000 пришлось заменить на 25000, так как время моделирования не дошло до 45000 пс.

Расчеты и графики зависимостей - в файле .