Анализ тРНК и ДНК
1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК
Команда einverted -sequence rna.seq -gap 1000 -threshold 15 -match 5 -mismatch -50 -outfile out_4_1.txt -outseq outseqq.seq
| Участок структуры | Позиции в структуре по find_pair | Результаты с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | G501-A507 - C572-U566 (7 пар) | Предсказано 5/7 + (3) | Предсказано 7/7 |
| D-стебель | G510-U513 - C525-G522 (4 пары) | - | Предсказано 5/4 |
| T-стебель | G549-G553 - C565-C561 (5 пар) | Предсказано 5/5 (2) | Предсказано 5/5 |
| Антикодоновый стебель | A538-A544 - C532-G526 (7 пар) | - | Предсказано 5/7 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 23 пары | 10 пар верно | 22 пары |
Первый результат вообще сомнительный, так как он перекрывается с третьим и не
комплементарные нуклеотиды находятся в середине тРНК, хотя это первый стебель должен
была бы быть...
2. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре
В данном задании был рассмотрен комплекс ДНК-связывающих доменов NFAT, FOS и JUN,
связанных с ДНК BOUND TO DNA (1a02), цепи F и J белка
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| остатками 2'-дезоксирибозы | 4 | 10 | 14 |
| остатками фосфорной кислоты | 13 | 6 | 19 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 5 | 12 | 17 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 1 | 1 |
Исходя из полученных данных: сахаро-фосфатный остов и атомы азотистых оснований, обращенные
в большую бороздку ответственны за взаимодействие ДНК с белком.
Так как атомы сахаро-фосфатного остова не отличаются между разными последовательностями
ДНК, то они используются для неспецифического связывания, а атомы азотистых оснований в большой
бороздке обеспечивают узнавание белком конкретных нуклеотидных пар, то есть конкретного
сайта связывания.
Наибольшее число контактов у Asn147(F)
Количество контактов между аминокислотным остатком и ДНК равно 3,
причем возможно взаимодействие, опосредованное молекулой воды. Наибольшее
количество связей равное 3 (все полярные) имеет аспарагин-147 в цепи F.
Тот же аспарагин-147 в цепи F взаимодействует с атомами азотистых оснований в большой бороздке:
N147:F.OD1 - C4016:A.N4 (d=2.73 Å), N147:F.ND2 - T5006:B.O4 (d=2.87 Å), N147:F.ND2 - A5005:B.N6 (d=3.33 Å).
Таким образом одним остатком белок узнает последовательность из 3 нуклеотидов.
