Построение выравнивания фрагментов последовательности двух родственных белков вручную

shortseqs.fasta

alignment1.msf

Рассчитаем процент идентичности двух последовательностей:

число колонок с одинаковыми буквами - 14;
общее число колонок выравнивания - 22;
процент идентичности - (14 / 22) * 100% = 63,64%.

Пользуясь матрицей сходства BLOSUM62, рассчитаем процент сходства двух последовательностей:

число колонок с одинаковыми буквами - 14;
число колонок с буквами, соответствующими сходным остаткам, - 0;
общее число колонок выравнивания - 22;
процент идентичности - ((14 + 0) / 22) * 100% = 63,64%.

Построение карты локального сходства последовательностей с использованием Excel

alignment1_map.xlxs

B6, C6 2 пустые - 2 gaps в первой последовательности (первая последовательность - по горизонтали).
D6, E7, F8 и G9; E6, I11 и J12; L14, M15, N16 и O17; R20 и S21; T24 и U25 - одинаковые остатки (поэтому такие ровные диагонали без gaps).
H10, K13, P18 и Q19 - пустые ячейки, т.к. остатки не одинаковы и нет gap.
T22 и Т23 пустые - 2 gaps в первой последовательности.

Выравнивание фрагмента с последовательностью белка GLOX_BACSU с помощью программы bl2seq

Программа bl2seq стоит как сервис на сайте NCBI BLASTC. С помощью этого сервиса можно отпределить координаты последовательности фрагмента в полной последовательности белка: начало - 211 а.о., конец - 230 а.о.

Выравнивание последовательности белка GLOX_BACSU с последовательностью гомологичного белка DADA_BORBR

ID GLOX_BACSU DADA_BORBR
Организм Bacillus subtilis Bordetella bronchiseptica
Процент идентичности (Identities) 25%
Процент сходства (Positives) 43%
Число гэпов 9 9
Число идущих подряд гэпов 9 9
Суммарное число гэповых колонок 18
Координаты выровненных участков 161 - 350 211-403

 

 

 

 

 

 

Карта локального сходства