Программы парного выравнивания
Подсчёт веса выравнивания
Посчитаем вес выравнивания, полученного в упр.1 предыдущего занятия, используя матрицу BLOSUM62.
Штраф за открытие пробела 12 и штраф за удлинение пробела 2.
| seq1 | K | Q | L | G | L | N | N | A | F | L | P | V | K | G | E | C | L | S | - | - | V | W |
| seq2 | - | - | L | G | L | N | A | A | F | Y | P | V | K | G | Y | S | L | S | A | P | V | W |
| Вес | -12 | -2 | 4 | 6 | 4 | 6 | -2 | 4 | 6 | -1 | 7 | 4 | 5 | 6 | -2 | 0 | 4 | 4 | -12 | -2 | 4 | 11 |
-12-2+4+6+4+6-2+4+6-1+7+4+5+6-2+0+4+4-12-2+4+11=36 - Общий вес выравнивания
В EMBOSS есть четыре программы, выдающие парное выравнивание: needle, water, stretcher и matcher. Программы needle и stretcher выдают оптимальное полное выравнивание, программа water — оптимальное частичное выравнивание, программа matcher выдаёт несколько (по умолчанию три) частичных выравниваний с наибольшим весом.
Построение выравнивания с помощью программы stretcher
Создадим программой stretcher оптимальное выравнивание тех же последовательностей seq1 и seq2 (NB! по умолчанию программа stretcher использует те же параметры: матрица BLOSUM62, штрафы 12 и 2). Для этого используем следущую команду:
stretcher seq1.fasta seq2.fasta alignment.stretcher -auto
Заметим, что вес выравнивания, построенный программой 41 (в то время как мой - 36), это значит, что выранивание, построенное программой лучше.
Построение выравниваний с помощью программ needle и water
Для построения полного выравнивания последовательностей белка GLOX_BACSU и родственного ему белка DADA_BORBR выполним команду:
needle sw:guad_bacsu sw:adat3_mouse bigalignment.needle -auto
Программа выдаст нам файл bigalignment.needle, в котором можно увидеть полученное полное выравнивание:
и вес выранивания 188.0
Для построения частичного выравнивания последовательностей белка GLOX_BACSU и родственного ему белка DADA_BORBR выполним команду:
water sw:guad_bacsu sw:adat3_mouse bigalignment.water -auto
Программа выдаст нам файл bigalignment.water, в котором можно увидеть полученное частичное выравнивание:
Вес выравнивания 197.5
- В частичное выравнивание вошёл участок последовательности моего белка от 8 до 350 а/о и родственного ему от 4 до 430 а/о.
- Локальное выравнивание совпадает с "ограничением" глобального на этот участок.
- Больший вес имеет локальное выравнивание (197.5 у локального и 188.0 у глобального).
© Морозова Екатерина Анатольевна