Матрицы переходов
Глобальное выравнивание
- Последовательности:
MLDA, MIEHA
- параметры, использовавшиеся при построении матрицы:
вес совпадения = 2, вес замены = -1, штраф за делецию = -2
- картинка с матрицей переходов:
  |   | M | L | D | A |
  | 0 | -2 | -4 | -6 | -8 |
M | -2 | Õ 2 | Ñ 0 | Ñ -2 | Ñ -4 |
I | -4 | Ó 0 | Õ 1 | Ñ -1 | Ñ -3 |
E | -6 | Ó -2 | Ó -1 | Õ 0 | Ñ -2 |
H | -8 | Ó -4 | Õ -3 | Ó -2 | Õ -1 |
A | -10 | Ó -6 | Ó -5 | Õ -4 | Õ 0 |
- выравнивание, соответствующие оптимальному пути:
MLD-A
MIEHA
- вес оптимального пути: 0
Локальное выравнивание
- Последовательности:
MLDAQTIAT, LDIAT
- параметры, использовавшиеся при построении матрицы:
вес совпадения = 2, вес замены = -1, штраф за делецию = -2
- картинка с матрицей переходов:
  |   | M | L | D | A | Q | T | I | A | T |
  | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
L | 0 | 0 | Õ 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
D | 0 | 0 | 0 | Õ 4 | Ñ 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
I | 0 | 0 | 0 | Ó2 | Õ 3 | Ñ 1 | 0 | Õ 2 | 0 | 0 |
A | 0 | 0 | 0 | 0 | Õ 4 | Ñ 2 | 0 | 0 | Õ 4 | Ñ 2 |
T | 0 | 0 | 0 | 0 | Ó 2 | Õ 3 | Õ 4 | Ñ 2 | Ó2 | Õ 6 |
- выравнивание, соответствующие оптимальному пути:
IAT
IAT
- вес оптимального пути: 6
- выравнивание, соответствующие субоптимальному пути:
LD-AQT
LDIA-T
- вес субоптимального пути: 4
Влияние параметров на глобальное выравнивание
параметры | выравнивания |
- Матрица аминокислотных замен: EBLOSUM62
- Штраф за открытие делеции: 1.0
- Штраф за продолжение делеции: 1.0
|
HMP_ECOLI 1 MLDAQTIATVKATI---PLLVETGPKLTAHFYDRMFTHNPELKEIFNMSN 47
||||||||||||:: | : | | . | |
mutant 1 MLDAQTIATVKASLTRKP---D-G-K--G--Y-R 24
HMP_ECOLI 48 QRNGDQREALFNAIAAYASNIENLPALLPAVEKIAQKHTSFQIKPEQYNI 97
mutant 25 24
HMP_ECOLI 98 VGEHLLATLDEMFSPGQEVLDAWGKAYGVLANVFINREAEIYNENASKAG 147
mutant 25 24
HMP_ECOLI 148 GWEGTRDFRIVAKTPRSALITSFELEPVDGGAVAEYRPGQYLGVWLKPEG 197
mutant 25 24
HMP_ECOLI 198 FPHQEIRQYSLTRKPDGKGYRIAVKREEGGQVSNWLHNHANVGDVVKLVA 247
mutant 25 24
HMP_ECOLI 248 PAGDFFMAVADDTPVTLISAGVGQTPMLAMLDTLAKAGHTAQVNWFHAAE 297
mutant 25 24
HMP_ECOLI 298 NGDVHAFADEVKELGQSLPRFTAHTWYRQPSEADRAKGQFDSEGLMDLSK 347
mutant 25 24
HMP_ECOLI 348 LEGAFSDPTMQFYLCGPVGFMQFTAKQLVDLGVKQENIHYECFGPHKVL 396
mutant 25 24
|
- Матрица аминокислотных замен: EBLOSUM62
- Штраф за открытие делеции: 10.0
- Штраф за продолжение делеции: 1.0
|
HMP_ECOLI 1 MLDAQTIATVKATIPLLVETGPKLTAHFYDRMFTHNPELKEIFNMSNQRN 50
mutant 1 0
HMP_ECOLI 51 GDQREALFNAIAAYASNIENLPALLPAVEKIAQKHTSFQIKPEQYNIVGE 100
mutant 1 0
HMP_ECOLI 101 HLLATLDEMFSPGQEVLDAWGKAYGVLANVFINREAEIYNENASKAGGWE 150
mutant 1 0
HMP_ECOLI 151 GTRDFRIVAKTPRSALITSFELEPVDGGAVAEYRPGQYLGVWLKPEGFPH 200
....
mutant 1 MLDA 4
HMP_ECOLI 201 QEIR--QYSLTRKPDGKGYRIAVKREEGGQVSNWLHNHANVGDVVKLVAP 248
|.|. :.||||||||||||
mutant 5 QTIATVKASLTRKPDGKGYR 24
HMP_ECOLI 249 AGDFFMAVADDTPVTLISAGVGQTPMLAMLDTLAKAGHTAQVNWFHAAEN 298
mutant 25 24
HMP_ECOLI 299 GDVHAFADEVKELGQSLPRFTAHTWYRQPSEADRAKGQFDSEGLMDLSKL 348
mutant 25 24
HMP_ECOLI 349 EGAFSDPTMQFYLCGPVGFMQFTAKQLVDLGVKQENIHYECFGPHKVL 396
mutant 25 24
|
По алгоритму программа needle пытается найти выравнивание с наибольшим
количеством очков. Большее количество очков возможно в следующих случаях:
один из кусочков сопоставляется с аналогичным в исходном или оба кусочка
выравниваются с белком, причем между ними вставляются гэпы.
Рассмоттрим данные выравнивания.
В первом случае (штраф за открытие делеции: 1.0) видно, что первый
кусочек выровнялся с аналогичным в исходной последовательности (это дает
определенное количество очков). Далее программа обильно вставляет гэпы,
чтобы набрать как можно больше очков за совпадения и родственные
замены(в этом случае программе выгоднее наставить делеции, т.к. за нее
штраф меньше, чем за любую неродственную замену).
Во втором случае (штраф за открытие делеции: 10.0) картина изменилась.
Теперь второму кусочку сопоставляется его истинное положение в белке.
Первый участок выравнивается с неродственным участком. Число гэпов
заметно снизилось. Это опять объясняется поиском наибольшего
веса (програме не выгодно вставлять делеции, и она предпочитает замены).
Почему же программа не выровняла эти два кусочка с их истинным положением
в белке? Если бы они были на небольшом расстоянии, то, возможно, они
бы и могли быть сопоставленны при таких штрафах.
|