Консервативные аминокислотные остатки в выборке 10 потенциальных ортологов белка HMP_ECOLI.

матрица попарного сходства последовательностей моей выборки (10 потенциальных ортологов и белок hmp_ecoli)

          
          HMP_ECOLI HMP_ALCEU HMP_BACHK HMP_ERWCH HMP_PHOLL HMP_PHOPR HMP_RHIME HMP_VIBCH HMP_VIBPA HMP_VIBVU HMP_YERPE

 HMP_ECOLI     100%                                                                                                    
 HMP_ALCEU      44%      100%                                                                                          
 HMP_BACHK      45%       46%      100%                                                                                
 HMP_ERWCH      64%       43%       41%      100%                                                                      
 HMP_PHOLL      60%       40%       42%       61%      100%                                                            
 HMP_PHOPR      64%       45%       45%       57%       59%      100%                                                  
 HMP_RHIME      43%       80%       46%       43%       43%       45%      100%                                        
 HMP_VIBCH      49%       40%       41%       48%       47%       48%       41%      100%                              
 HMP_VIBPA      61%       43%       45%       56%       58%       69%       43%       46%      100%                    
 HMP_VIBVU      61%       43%       44%       59%       58%       70%       42%       48%       80%      100%          
 HMP_YERPE      63%       45%       43%       64%       65%       62%       45%       47%       60%       60%      100%

множественное выравнивание
изображение 3D-структуры белка hmp_ecoli с отмеченными консервативными остатками:
На рисунке изображена область взаимодействия белка с лигандом. Белок изображен в остовной модели. Аминокислоты взаимодействующие с лигандом в шарнирной модели. Сам гем (лиганд) отображен в шариковой модели. Консервативные на 100% аминокислоты раскрашены в красный цвет. На 80% - синим цветом. Остальной белок - черным. Видно, что многие аминокислоты, взаимодействующих с лигандом,- консервативны. Не консервативны из них те, которые достаточно удалены. Но и они заменяются на схожие по свойствам аминокислоты (видно по выравниванию). Такая консервативность объясняется тем, что любая замена этой аминокислоты при мутации приводит к ненадежному удерживанию лиганда или к потере функции белка (то и другое приводит к гибели организма и, следовательно, ненаследованию признака).