Поиск сайтов регуляции разрывной транскрипции sgmRNA
Был выбран геном коронавируса ночной цапли - Night-heron coronavirus HKU19. Среди upstreamов генов вёлся поиск мотивов с помощью программы meme.
Рассматривались upstreamы со следующими кординатами:
| ген | координата upstream в геноме |
| orf1ab | [1:481] |
| S | [19205:19304] |
| E | [22969:23068] |
| M | [23210:23309] |
| NS6 | [23860:23959] |
| N | [24148:24249] |
| NS7a | [25177:25276] |
| NS7b | [25483:25582] |
MEME нашла 3 мотива в upstreamах. выдача meme
Первый мотив- '[TA][GT]CAG[AT]G[TG]G' показался мне наиболее правдоподобным, т.к. он единственный имел E-value < 1
Мотив нашёлся в 7 из 8 последовательностей.
Запуск MEME с другой длиной upstreamов не дал ничего более интересного.