Поиск сигналовПоиск регуляторных мотивов транскрипции в бактериальных последовательностяхАналогичное задание было выполнено мной ранее. Результаты: .docx, .pdf. Описание базы данных TransfacTransfac - база данных транскрипционных факторов эукариотических клеток, содержащая информацию о мишенях транскрипционных факторов и сайтах их связывания. Описание принципа работы Transfac можно найти в статье TRANSFAC®: transcriptional regulation, from patterns to profiles. Для использования этой базы данных необходима предварительная регистрация. После регистрации можно воспользоваться поиском по БД. Search term: Homo Sapiens Table field to search in: Organism Species (OS)На выходе получаем список всех транскрипционных факторов, которые известны для человека. Посмотрим в качестве примера транскрипционный фактор c-Myc, который регулирует экспресиию до 15% всех белков в клетке, поэтому он хорошо изучен. В выдаче содержится большое количество информации о последовательности, структуре и основных функциях белка. Также приведен список транскрипционных факторов, взаимодействующих с геном рассматриваемого белка. Далее приведен большой список сайтов связывания для исследуемого транскрипционного фактора. Теперь проведем поиск по таблице Gene: Search term: Homo Sapiens Table field to search in: Organism Species (OS)На выходе получаем список всех генов человека. Рассмотрим ген EGFR (рецептор эпидемрального фактора роста): в выдаче указаны сайты связывания и транскрипционные факторы, связывающиеся с этими сайтами. Перейдя по ссылке с идентификатором сайта связывания, можно увижеть последовательность самого сайта. © Наталья Ланина e-mail: n.lanina@fbb.msu.ru последний раз обновлялось: 25.11.15 |
|