Поиск сигналов

Поиск регуляторных мотивов транскрипции в бактериальных последовательностях

Аналогичное задание было выполнено мной ранее. Результаты: .docx, .pdf.

Описание базы данных Transfac

Transfac - база данных транскрипционных факторов эукариотических клеток, содержащая информацию о мишенях транскрипционных факторов и сайтах их связывания. Описание принципа работы Transfac можно найти в статье TRANSFAC®: transcriptional regulation, from patterns to profiles. Для использования этой базы данных необходима предварительная регистрация. После регистрации можно воспользоваться поиском по БД.
База данных позволяет искать по одной из шести таблиц: Cell, Class, Factor, Gene, Matrix, Site. Для примера будем производить поиск по таблице Factor:

Search term: Homo Sapiens
Table field to search in: Organism Species (OS)

На выходе получаем список всех транскрипционных факторов, которые известны для человека. Посмотрим в качестве примера транскрипционный фактор c-Myc, который регулирует экспресиию до 15% всех белков в клетке, поэтому он хорошо изучен. В выдаче содержится большое количество информации о последовательности, структуре и основных функциях белка. Также приведен список транскрипционных факторов, взаимодействующих с геном рассматриваемого белка. Далее приведен большой список сайтов связывания для исследуемого транскрипционного фактора.

Теперь проведем поиск по таблице Gene:

Search term: Homo Sapiens
Table field to search in: Organism Species (OS)

На выходе получаем список всех генов человека. Рассмотрим ген EGFR (рецептор эпидемрального фактора роста): в выдаче указаны сайты связывания и транскрипционные факторы, связывающиеся с этими сайтами. Перейдя по ссылке с идентификатором сайта связывания, можно увижеть последовательность самого сайта.