EMBOSS и локальный BLAST

1.Несколько файлов в формате fasta собрать в единый файл.

• 1.fasta
  2.fasta

• seqret "*.fasta" r.fasta

• r.fasta

2.Один файл в формате fasta с несколькими последовательностями разделить на отдельные fasta файлы.

• r.fasta

• seqretsplit r.fasta

• 1.fasta
  2.fasta

4. Транслировать (с первого кодона, то есть в первой рамке) кодирующие последовательности, лежащие в одном fasta файле, в аминокислотные, используя указанную таблицу генетического кода, и положить результат в один fasta файл.

• 3.fasta

• transeq 3.fasta -frame 1 -table 0 tran3.fasta

• tran3.fasta

6. Перевести выравнивание из формата fasta в формат msf.

• ali1.fasta

• seqret ali1.fasta msf::ali1.msf

• ali1.msf

7. Выдать в файл число совпадающих букв между второй последовательностью выравнивания и всеми остальными (на выходе только имена последовательностей и числа).

• ali1.fasta

• infoalign ali1.fasta ali1.infoalign -refseq 2 -only -name -idcount

• ali1.infoalign

8. (featcopy) Перевести аннотации особенностей из файла формата gb или embl в табличный формат gff.

• ahsp.gb

• featcopy ahsp.gb ahsp.gff

• ahsp.gff

9. (extractfeat) Из данного файла с хромосомой в формате gb или embl получить fasta файл с кодирующими последовательностями.

• chr.gb

• extractfeat chr.gb chr.fasta

• chr.fasta

10. Перемешать буквы в данной нуклеотидной последовательности.

• 1.fasta

• shuffleseq 1.fasta mix.fasta

• mix.fasta

11. Создать три случайных нуклеотидных последовательностей длины 100.

• makenucseq -amount 3 -length 100 mr.fasta

• mr.fasta

12. Найти частоты кодонов в данных кодирующих последовательностях.

• 3.fasta

• cusp 3.fasta kod.fasta

• kod.fasta

Ссылка на скрипт
Скрипт выполняет задачу №4: "По данному аннотированному файлу в формате gb (из GenBank или RefSeq) или embl (из ENA) создать файл с кодирующими последовательностями в формате fasta, добавив в описание каждой последовательности функцию белка (из поля product)."
Имя файла принимается в качестве аргумента командной строки.