| На главную второго семестра | На главную |
Задания выполнялись на сервере kodomo-count.cmm.msu.ru.
Постройте глобальные выравнивания последовательностей из BIOA_ECOLI.fasta и thirdprot.fasta с помощью программы needle при разных значениях параметра штрафа за открытие гэпа.
| Штраф за открытие гэпа | Штраф за продолжение гэпа | Файл результатов | Score | Identity | Similarity | Замечания |
| 10 | 1 | 1to3_10_1.needle | 51.0 | 3.0% | 3.7% | Первая часть искуственной последовательности выравнена с соответствующим участком белка, а вторая часть искуственной последовательности случайным образом выравнена с ближайшим участком белка BioA_ECOLI. |
| 5 | 1 | 1to3_5_1.needle | 56.0 | 3.0% | 3.7% | Это выравнивание ничем не отличается от предыдущего. Разница в весах выравнивания получается за счет уменьшения штрафа за открытие гэпа. |
| 1 | 1 | 1to3_1_1.needle | 67.0 | 3.7% | 4.9% | Конечная часть искуственной последовательности выравнена с соответствующим участком белка, а первая часть искуственной последовательности случайным образом выравнена с ближайшим участком белка. В данном выравнивании количество гэпов больше, чем в двух предыдущий, и только за счет этого оно выдано программой, так как здесь штраф за открытие гэпа минимальный из всех 3х случаев. |
Так как штраф за открытие гепа равен штрафу за его продолжение, то , вполне логично, что увеличение веса выравнивания можно сделать, если будет много мелких вставок. Это можно использовать для поиска далеких гомологов. При увеличении штрафа за открытие гепа не будут выравниваться отдельные аминокислоты, что более премлемо для поиска близких гомологов, так как выравнивание будет содержать большие участки выравненных без гэпов или с минимальным их количеством последовательностей.
Построение карты локального сходства последовательностей из BioA_ECOLI.fasta и thirdprot.fasta с помощью программы dotmatcher. Использовались разные параметры для построения выравнивания.
Результат приведён в таблице:
| Размер окна | Порог на суммарный вес | Файл postscript |
| 10 | 23 | dotmatcher1.ps |
| 5 | 23 | dotmatcher2.ps |
| 5 | 10 | dotmatcher3.ps |
| 10 | 10 | dotmatcher4.ps |
Размер окна определяет длину участков последовательности, которые выравниваниваются. При уменьшении (увеличении) значения размера окна соответственно уменьшается (увеличивается) длина черты на изображении, которая соостветвствует длине фрагмента выравниваемой последовательности.
Порог на суммарный вес определяет выравнивания, отображаемые на диаграмме. При уменьшении веса происходит увеличение количества отрезков на получаемой диаграмме. Это обусловлено тем, что меньший вес обуславливает большее количество выравниваний.