На главную второго семестра    На главную

Работа с системой SRS

Результаты упражнений можно найти в документе SRS_tables.doc. Те же таблицы для удобства помещены ниже.

Таблица 1. Группы банков данных

Банк данных Группа
SwissProt UniProt Universal Protein Resource
EMBL Nucleotide sequence databases (Nucleotide sequence databases - subsections)
PDB Protein function, structure and interaction databases (Protein structure databases)

Таблица 2. Таксон гамма-протеобактерии

Название gammaproteobacteria
Количество документов в Swiss-Prot 33890

Таблица 3. Запросы

Цель Строка запроса Количество найденных документов
Поиск белка BioA_ECOLI по Accession number "[swissprot-AccNumber:P12995*]" 1
Найдите все документы, описывающие белки из таксона "гамма-протеобактерии", которые в поле DE содержат описание функции вашего белка "(((([uniprot-Description:7,8-diamino-pelargonic*] & [uniprot-Description:acid*]) & [uniprot-Description:aminotransferase*]) | [uniprot-Description:7,8-diamino-pelargonic acid aminotrans ferase*]) & [uniprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*]) " 9
Найдите все документы, описывающие белки из таксона "гамма-протеобактерии", которые в поле DE содержат описание функции вашего белка "(([uniprot-Description:DAPA] & [uniprot-Description:aminotransferase]) & [uniprot-Taxonomy:gammaproteobacteria]) " 9

Таблица 4. Описание выборки

№ ID AC Организм Таксон
1 BIOA_BUCAI P57379 BUCHNERA APHIDICOLA SUBSP ACYRTHOSIPHON PISUM ACYRTHOSIPHON PISUM SYMBIOTIC BACTERIUM BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE BUCHNERA
2 BIOA_BUCBP Q89AK4 BUCHNERA APHIDICOLA SUBSP BAIZONGIA PISTACIAE BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE BUCHNERA
3 BIOA_BUCAP Q8K9P0 BUCHNERA APHIDICOLA SUBSP SCHIZAPHIS GRAMINUM BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE BUCHNERA
4 BIOA_CITFR P13071 CITROBACTER FREUNDII BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE CITROBACTER
5 BIOA_ENTAG P53656 ENTEROBACTER AGGLOMERANS ERWINIA HERBICOLA PANTOEA AGGLOMERANS BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE PANTOEA
6 BIOA_ECOLI P12995 ESCHERICHIA COLI BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE ESCHERICHIA
7 BIOA_HAEIN P44426 HAEMOPHILUS INFLUENZAE BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA PASTEURELLALES PASTEURELLACEAE HAEMOPHILUS
8 BIOA_SALTY P12677 SALMONELLA TYPHIMURIUM BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE SALMONELLA
9 BIOA_SERMA P36568 SERRATIA MARCESCENS BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE SERRATIA

В банке данных UniRef100 белков из организмов Yersinia pestis и Vibrio cholerae с функцией аминотрансферазы 7,8-диамино-пеларгоновой кислоты (7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase) не найдено.

©Dzhanibekova Anastasia