Банк EMBL

Сравнение разных записей в EMBL

В документе SwissProt, описывающем белок BioA_ECOLI найдены все ссылки на банк EMBL.

C помощью SRS получена информация, необходимая для заполнения таблицы ниже.

Идентификатор записи EMBL	Тип молекулы	Класс данных	Раздел EMBL	Дата создания документа	Описание	Длина последовательности
U00096	genomic DNA	STD	PRO	23.02.2006	Полный геном Escherichia coli K12 MG1655	4639675
A11524	unassigned DNA	PAT	PRO	28.01.1994	Ген BioA gene из E.coli с праймерами	1333
J04423	genomic DNA	STD	PRO	20.02.1989	E.coli 7,8-диамино-пеларгониковая кислота (bioA), синтетаза биотина (bioB), синтетаза 7-кето-8-амино-пеларгониковаякислоты (bioF), белок bioC, синтетаза детиобиотина (bioD)	5793
AP009048	genomic DNA	STD	PRO	22.01.2006	Полный геном Escherichia coli W3110.	4646332

Одним из самых больших различий записей является то, что запись A11524 содержит не распознанный ДНК E.coli с праймерами. Отсюда и различие в классе данных этой записи. Остальные записи имеют различие только в дате создания. Так же можно заметить, что описаны две записи, соджержащие полный геном E.coli, они различаются по длине и дате создания. Различия в длине могут объясняться тем, что это геномы разных штаммов.

Запрос на получение данных о записях БД EMBL;

"((([embl-ID:J04423*]|[embl-ID:A11524*]|[embl-ID:U00096*])|[embl-ID:AP009048*])"

Сравнение описаний гена Escherichia coli в двух разных записях EMBL

На основании результатов упражнения 1 выбраны 2 записи для дальнейшего изучения. Взята запись J04423 с частью генома E.coli, содержащей ген bioA, и запись U00096 с полным геномом. Последняя запись была выбранана основе соображений того, что запись A11524, которую можно было взять для дальнейшего изучения, содержит нерасшифрованную ДНК. По записям EMBL J04423 и U00096 заполнена таблица ниже

Последовательности, кодирующие белок BioA_ECOLI в двух записях банка EMBL

Из полученных записей извлечены инуклеотидные последовательности, кодирующие белок BioA_ECOLI, в виде отдельных файлов.

Параметры выравнивания, полученного программой needle:

Length: 1293
Identity:    1289/1293 (99.7%)
Similarity:  1289/1293 (99.7%)
Gaps:           3/1293 ( 0.2%)
Score: 6420.5

U00096           251 cc cat gcg cca gcc att gag ctg tgc cgc aaa ctg gtg gcg atg a-- cgc    298
                     || ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| |   .||
J04423           251 cc cat gcg cca gcc att gag ctg tgc cgc aaa ctg gtg gcg atg agc ggc    300

U00096           299 cgc aac -cg ctg gag tgc gtt ttt ctc gcg gac tcc ggt tcc gta gcg gt    347
                     ||| |||  || ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||
J04423           301 cgc aac gcg ctg gag tgc gtt ttt ctc gcg gac tcc ggt tcc gta gcg gt    350

U00096           251 cc cat gcg cca gcc att gag ctg tgc cgc aaa ctg gtg gcg atg a-c -gc    298
                     || ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| | |  ||
J04423           251 cc cat gcg cca gcc att gag ctg tgc cgc aaa ctg gtg gcg atg agc ggc    300

U00096           299 cgc aac -cg ctg gag tgc gtt ttt ctc gcg gac tcc ggt tcc gta gcg gt    347
                     ||| |||  || ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||
J04423           301 cgc aac gcg ctg gag tgc gtt ttt ctc gcg gac tcc ggt tcc gta gcg gt    350

Для сравнения было получено выравнивание гена из записей EMBL A11524, содержит нерасшифрованную ДНК, и J04423. Участок этого выранивания, соответствующий участку для первого выравнивания, в точности повторяет картину превого выравнивания.

A11524           251 cc cat gcg cca gcc att gag ctg tgc cgc aaa ctg gtg gcg atg a-- cgc    298
                     || ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| |   .||
J04423           251 cc cat gcg cca gcc att gag ctg tgc cgc aaa ctg gtg gcg atg agc ggc    300

A11524           299 cgc aac -cg ctg gag tgc gtt ttt ctc gcg gac tcc ggt tcc gta gcg gt    347
                     ||| |||  || ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||| ||
J04423           301 cgc aac gcg ctg gag tgc gtt ttt ctc gcg gac tcc ggt tcc gta gcg gt    350

Знакомство с записью гена из эукариотического генома

Для изучения предложен документ EMBL с идентификационным номером BA000025.

• Схематичное изображение структуры транслируемых участков гена APOM (изображены только первый и последний транслируемые участки).

  Ген находится на комплементарной цепи:

      <-[287948..288061]--...--[285939..285964]----
  

  Между 6м и 5м экзонами гена APOM на прямой цепи находится участок

  /note="TIGR-A007I39;The location is between each flanking site of PCR primers."

  с координатами 285833..285947. Этот участок находится между двумя сайтам праймеров PCR.

  Границы экзонов на прямой и комплиментарной цепях соввпадают за исключением 1го и 6го экзново.

  1й экзон на прямой цепи

  exon            287948..288090
                  /number=1
                  /gene="APOM"
  

  Тогда как на комплиментарной цепи 1й экзон имеет координаты (287948..288061).

  6й экзон на прямой цепи

  exon            285819..285964
                  /number=6
                  /gene="APOM"
  

  Тогда как на комплиментарной цепи 6й экзон имеет координаты (285939..285964).

• Общее число экзонов в гене 6.

• Самый длинный экзон номер 2, его длина 154 нуклеотида.

  Самый короткий экзон номер 6, его длина 25 нуклеотидов.

• Самый длинный интрон - интрон между 2м и 3м экзонами, его длина 826 нуклеотидов.

  Самый короткий интрон - интрон между 3м и 4м экзонами, его длина 253 нуклеотида.

Все вычисления находятся в файле ex2.xls