Программы парного выранивания

1.Вес выравнивания

seq1 A K V S K S E R E A W G R M I E T Y I T

seq2 R V S K K T E R E K W G C M I E Y L T T

Вес -1 -2 -2 0 5 1 5 5 5 -1 11 6 -3 5 4 5 -2 -1 -1 5

Итого вес выравнивания, полученного в упр.1 предыдущего занятия, используя матрицу BLOSUM62, равен: 44

2.Оптимальное выравнивание

Оптимальное выравнивание Вы можете увидеть тут. Данное выравнивание совпало с выравниванием, построенным мною.

3.Программамы needle и water

Полученное программой needle полное выравнивание последовательностей белка ENGB_BACSU (AC P38424) и родственного ему белка ENGB_LISW6 (AC A0AJ07) с параметрами по умолчанию можно увидеть в этом файле: needlealignment.needle.

Полученное программой water частичное выравнивание последовательностей белка ENGB_BACSU (AC P38424) и родственного ему белка ENGB_LISW6 (AC A0AJ07) с параметрами по умолчанию можно увидеть в этом файле: wateralignment.water.

В частичное выравнивание вошёл участок последовательности от 1 до 191 включительно.

Локальное выравнивание совпадает с "ограничением" глобального на этот участок.

Больший вес имеет частичное выравнивание: 735, а у глобального: 733.

Вообще, вес оптимального глобального выравнивания не может быть больше веса оптимального локального выравнивания из-за наличия в первом «невыгодных» с точки зрения наибольшего веса выравнивания участков.