| На главную |
|
Мои проекты | Ссылки | Обо мне | Мои заметки |
Создание профиля
Для создания профилей были выбраны следующие последовательности: fasta-файл
Эти последовательности относятся к однодоменной архитектуре с YscJ_FliF (PF01514). На дереве они образуют отдельную кладу.
Для построения профиля сервере kodomo воспользовалась пакетом HMMER 2.3.2
Был построен профиль и откалиброван профиль .
Проферка профиля
Был произведен поиск профилем по всем последовательностям Uniprot, включающим изучаемый домен. C выдачей пограммы можно ознакомиться тут . В этом файле находилось 11454 последовательности, профилем при e-value 1e-20 нашлось 4365. Создан список белков из Uniprot содержащих данный домен в заданной архитектуре и заданной таксономической группы (Gammaproteobacteria). C ним можно ознакомиться тут .
Характеристика работы профиля.
Порог на E-value: 1e-20
TP: 3510 TN: 6814 FP: 855 FN: 275
R (чувствительность) 0,927344782
PPV (избирательность)0,804123711
Чувствительность и избирательность профиля достаточно велики, чтобы признать его работу удовлетворительной при данном e-value. При увеличении e-value чувствительность возрастет, но избирательность упадет.