Результаты изучения записи IPR001041 в интегрированной базе данных InterPro

Работа с базой данных InterPro

Требовалось взять одну из записей БД InterPro, относящихся к белку DHSB_ECOLI, и подробно описать; в качестве оной выбрана IPR001041, она описывает Ferredoxin. Тип записи - домен. Он встречается в вирусах, археях, бактериях и эукариотах (полная картина таксономии здесь). Запись относится к 1379 белков. Создание этой записи основано на существовании следующих подписей (signature):

 База данных   Идентификатор подписи   Число белков с данной подписью 
PFAM PF00111 1155
SuperFamily SSF54292 1188

Ферродоксины - железосерные белки, переносящие электроны во многих реакциях метаболизма. Они имеют кофактор, связывающий 2FE-2S кластер. Ферродоксинов можно поделить на несколько подгрупп в зависимости от физиологической природы железосерных кластеров в соответствии с похожестью последовательностей.

Содержится в:

  • IPR000283; Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 kDa subunit
  • IPR001055; Adrenodoxin
  • IPR002888; [2Fe-2S]-binding
  • IPR004489; Succinate dehydrogenase/fumarate reductase iron-sulfur protein
  • IPR010205; NADH:ubiquinone oxidoreductase, Na(+)-translocating, F subunit
  • IPR010228; NADH-quinone oxidoreductase, chain G

    • Содержит:

  • IPR00605; 2Fe-2S ferredoxin subdomain

    • Здесь можно видеть дерево родственных связей для этой записи