База данных Pfam включает 7426 записей с краткой характеристикой разных семейств белковых доменов, включая их множественные выравнивания. Каждый домен в PFAM описан с помощью профилей-НММ.
На левой иллюстрации изображено наложение доменной структуры на пространственную структуру белка.
Как видно, согласно базе данных PFAM в белке DHSB_ECOLI существует 2 домена.
Яркой желто-розово-голубой полосой отмечен домен Pfam-B_984; тусклой сине-зелено-желтой - Pfam-B_303.
Справа трехмерное изображение DHSB_ECOLI в программе RasMol; красным цветом обозначен первый домен, жёлтым - второй.
Ниже можно наблюдать краткое их описание.
Названия доменов Pfam-B_* (равно как и их изображения) говорит о том, что оба они из дополнительной части БД - Pfam-B. Это не курируемая часть Pfam, полученная путем интеграции в неё автоматической БД ProDom. Как следствие, этим сведениям не следует доверять в той же мере, что и Pfam-A. Для обоих доменов предоставляется скудная информация о их свойствах, причём одинаковая для обоих: образует структурные комплексы с прочими семействами Pfam (forms structural complexes with other Pfam families).
| № | Краткое название | Расположение в последовательности | Идентификатор записи в PFAM |
|---|---|---|---|
| 1 | Pfam-B_984 | 2-75 | PB000984 |
| 2 | Pfam-B_303 | 107-230 | PB000303 |