A- и В- формы ДНК. Структура РНК
Задание 1
С помощью программы fiber пакета 3DNA были построены A-, B- и Z-формы дуплекса ДНК, ссылки на файлы:
Задание 2
Мной была выбрана А-форма сгенерированной ДНК, а экспериментальная тоже А-форма 3v9d. Сначала были найдены большие и малые бороздки в сгенерированной и экспериментальной ДНК:
Мной было также изучено, какие атомы аденина в экспериментальной структуре 3v9d в сторону какой бороздки обращены. На рис. 3 изображен аденин, нарисованный в программе MarvinSketch.
В сторону малой бороздки обращены атомы: c2, n3. В сторону большей бороздки обращены атомы: c4, c5, c6, c8, n1, n6, n7, n9.
Исследование эксперемантальных структур разных форм ДНК представлено в табл. 1. Ширина бороздок - наименьшее расстояние между двумя фосфатами соответствующих нуклеотидов.
Таблица 1. Исследование разных форм ДНК.
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 28,05 | 33,80 | 43,56 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 18.495 ([DA]18:A.P #351 - [DT]27:B.P #536) | 20.583 ([DA]22:B.P #433 - [DA]14:A.P #269) | 23.510 ([DC]2:A.P #23 - [DC]34:B.P #679) |
| Ширина малой бороздки | 9.625 ([DT]27:B.P #536 - [DT]7:A.P #126) | 13.198 ([DA]14:A.P #269 - [DC]32:B.P #638) | 8.678 ([DG]33:B.P #657 - [DG]13:A.P #247 ) | <
Задание 3
Определение параметров структур нуклеиновых кислот с помощью программ пакета 3DNA. Для анализа структур нуклеиновых кислот будем использовать программы find_pair и analyze.
Для анализа мне была предоставлена кристаллическая структура тРНК фенилаланина дрожжей. PDB ID: 1EHZ
Упражнение 1
С помощью команды: find_pair -t 1ehz.pdb stdout | analyze были получены значения торсионных углов для рассматриваемой молекулы.
Результаты: торсионные углы.
Упражнение 2
С помощью программы analyze мной были определены водородные связи в данной структуре.
Результаты: водородные связи.
Стебли: [1-7, 66-72], [49-53, 61-65], [38-44, 26-32], [10-13, 22-25].
Неканонические пары оснований: G4-U69, A38-(OMC)32, P39-A31, A44-(M2G)26.
Дополнительные водородные связи: (5MU)54-A58, P55-G18, A36-U33, A14-U8, G15-C48, (H2U)16-U59. Эти связи стабилизируют третичную структуру тРНК.