Что такое филогенетическое дерево
Из предложенного в задании списка бактерий отдела Firmicutes были выбраны 7, которые представлены в табл.1.
Таблица 1. Список бактерий отдела Firmicutes
Название |
Мнемоника |
Bacillus anthracis |
BACAN |
Bacillus subtilis |
BACSU |
Clostridium tetani |
CLOTE |
Finegoldia magna |
FINM2 |
Lactobacillus delbrueckii |
LACDA |
Listeria monocytogenes |
LISMO |
Streptococcus pyogenes |
STRP1 |
В столбце "название" приведено полное латинское название бактерии, а в столбце "мнемоника" - краткое, принятое для записи названий белков из этих бактерий в банке Swiss-Prot.
Теперь, руководствуясь приведённым ниже на рис.1 филогенетическим деревом, нарисуем дерево выбранных нами организмов, представленных в табл.1.
(Увеличенное изображение при клике на картинке)
В представлениях дерева удобно пользоваться краткими мнемоническими обозначениями видов (правая колонка табл.1)
Сначала запишем скобочную формулу дерева:
((((BACAN, BACSU), LISMO), (LACDA, STRP1)), (CLOTE, FINM2));
А теперь получим изображение дерева. Для этого создадим файл со скобочной формулой
(имя файла должно иметь расширение .tre) и откроем его программой MEGA. Изображение дерева представленно на рис.1.
(Увеличенное изображение при клике на картинке)
Вспомним, что ветвь дерева называется нетривиальной, если она разбивает множество листьев на подмножества,
в каждом из которых более одного элемента. Приведем список нетривиальных ветвей для дерева, показанного на рис.1:
- {BACAN, BACSU, LISMO, LACDA, STRP1} против {CLOTE, FINM2}
- {BACAN, BACSU} против {LISMO, LACDA, STRP1, CLOTE, FINM2}
- {BACAN, BACSU, LISMO} против {LACDA, STRP1, CLOTE, FINM2}
- {LACDA, STRP1} против {CLOTE, FINM2, BACAN, BACSU, LISMO}