Построение и визуализация электронной плотности
Для работы была выбрана cтруктура мутантного фермента глюкансукразы Bacillus subtilis (PDB ID: 3AIC). Файл структурных факторов скачивается из PDB. Для pdb кодов, известных серверу EDS, он должен присутствовать в PDB. Файл так и называется "Structure factors". В итоге были получены файлы:
Файл Structure factors содержит информацию о всех структурных факторах, полученных в результате эесперимента. Структурные факторы представлены в Excel-файле.
Category Group:
- audit_group - информация об авторе, дате создания и обновлениях
- entry_group - информация о записи
- cell_group - описание элементарной ячейкиы
- symmetry_group - описание симметрий
- refln_group - описания измеренных рефлексов
- diffrn_group - описание деталей дифракционного эксперимента
- exptl_group - условия проведения эксперимента
На рис.1. представлен фрагмент файла. Данные об измеренных структурных факторах начинаются со строки "loop_", далее построчно идут названия колонок, которые начинаются с _refln. После них следуют строки с измерениями. Одной строке соответсвует один измеренный структурный фактор.
- целые числа h, k, l - три колонки _refln.index_h _refln.index_k _refln.index_l
- F - среднее значение измерений структурного фактора _refln.F_meas_au
- F_sigma - ср. кв. отклонение от среднего _refln.F_meas_sigma_au
- _refln.status - использован ли структурный фактор для оптимизации модели
- _refln.F_calc - структурный фактор, рассчитанный по модели
- _refln.phase_calc - фаза, рассчитанная по модели
В файле 238566 структурных факторов (поле _reflns.number_all). Для оптимизации использовалось 226540 структурных факторов (число строчек со значением "о" в колонке _refln.status).
В файле можно найти примеры неизмеренных структурных факторов, которые соотвествуют явно пропущенным тройкам чисел (h, k, l). Явно пропущенные - это такие, что (1) их нет в файле; (2) хотя бы одна тройка (h', k', l') с h' ≥ h, k' ≥ k, l' ≥ l присутствует в файле. В таблице 1 представлены неизмеренные структурные факторы.
| Таблица 1. Примеры неизмеренных структурных факторов | |||||
| _refln.index_h | _refln.index_k | _refln.index_l | |||
| 0 | 2 | 7 | |||
| 0 | 3 | 6 | |||
| 0 | 3 | 7 | |||
| 0 | 4 | 1 | |||
| 0 | 4 | 2 | |||
| 0 | 4 | 5 | |||
| 27 | 20 | 2 | |||
| 27 | 20 | 3 | |||
| 27 | 20 | 4 | |||
| 55 | 26 | 35 | |||
| 55 | 30 | 24 | |||