Программа BLAST
1. Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка в разных банках
Таблица 1. Результаты поиска гипотетических гомологов белка YXIM_BACSU
| Поиск по Swiss-Prot | Поиск по PDB | Поиск по "nr" | |
1. Лучшая находка (с последовательностью исходного белка) |
|||
| Accession | P42304.2 | 2O14_A | YP_006632020.1 |
| E-value | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Вес (в битах) | 794 | 733 | 794 |
| Процент идентичности | 100% | 97% | 100% |
2. Число находок с E-value < 10–10 |
3 | 1 | 501 |
3. "Худшая из удовлетворительных" находка (последняя в выдаче с E-value < 1) |
|||
| Номер находки в списке описаний | 6 | 2 | 927 |
| Accession | Q03045.1 | 1TTY_A | YP_004834867.1 |
| E-value | 0.33 | 0.024 | 0.99 |
| Вес (в битах) | 36.6 | 34.3 | 40.4 |
| % идентичности | 27% | 33% | 28% |
| % сходства | 44% | 57% | 43% |
| Длина выравнивания | 118 | 52 | 123 |
| Координаты выравнивания | в запросе 260-370 в находке 299-413 |
в запросе 235-284 в находке 11-62 |
в запросе 260-370 в находке 247-369 |
| Число гэпов | 10 | 2 | 8 |
Всего находок |
19 | 11 | 100 |
E-value последней находки |
10 | 7,8 | 1e-23 |
Исходный белок удалось найти в Swiss-Prot и "nr", а его структуру в PDB. Наибольшее число явных гомологов нашлось среди Non-redundant protein sequences, потому что поиск шёл среди баз данных SwissProt, PIR, и PDB. Меньше всего находок в PDB, потому что относительно мало белков, структуры которых установлены.
Выход BLAST был ограничен 100 находками с E-value не больше 10. Так как находок в базах Swiss-prot и PDB меньше 100, их количество ограничено значением E-value. Поиск среди "non-redundant" последовательностей выдал 100 находок, последняя из которых имеет достаточно маленькое значение E-value, очевидно, здесь число находок ограничено размером выдачи.
2. Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка с фильтром по таксонам
В банке Swiss-Prot не нашлось гомологов из других таксонов, поэтому пришлось расширить зону поиска на Non-redundant protein sequences.Таблица 1. Результаты поиска гипотетических гомологов белка YXIM_BACSU в других таксонах
Лучшая находка из царства Actinobacteria |
Поиск по "nr" |
| Номер находки в списке описаний | 1 |
| Accession | YP_002489418.1 |
| E-value | 2e-179 |
| Вес (в битах) | 503 |
| % идентичности | 68% |
| % сходства | 81% |
| Длина выравнивания | 354 |
| Координаты выравнивания | в запросе 26-379 в находке 43-395 |
| Число гэпов | 1 |
3. BLAST двух последовательностей
Рис.1. Карта локального сходства выравниваний последовательностей белка yxim и YP_002489418.1 с порогом на E-value, равным 10
Рис.2. Карта локального сходства выравниваний последовательностей белка yxim и YP_002489418.1 с порогом на E-value, равным 0.1
4. Сравнение результатов поиска с различными матрицами BLOSUM
В матрице BLOSUM90 порог клстеризации выше, чем в BLOSUM62, поэтому веса некоторых аминокислотных замен будут выше. Поэтому значения e-value так же будут выше. Однако в банке Swiss-prot всё равно не находится гомологов из других таксонов. В Non-redundant protein sequences гомологи находятся уже среди последовательностей домена Eukarya.
Таблица 3. Результаты поиска гипотетических гомологов белка YXIM_BACSU в других таксонах с использованием матрицы BLOSUM90
Лучшая находка из домена Eukarya |
Поиск по "nr" |
| Номер находки в списке описаний | 1 |
| Accession | CBY13218.1 |
| E-value | 2e-15 |
| Вес (в битах) | 88.0 |
| % идентичности | 29% |
| % сходства | 43% |
| Длина выравнивания | 223 |
| Координаты выравнивания | в запросе 157-377 в находке 165-369 |
| Число гэпов | 20 |