Учебный сайт Образцовой Анны

• Семестр I
  • Информация о белке
    • Общие сведеия о белке YXIM
    • Внутримолекулярные взаимодействия в структуре YXIM
    • Описание области контакта белка и лиганда в структуре YXIM
  • Информация о бактерии Serratia proteamaculans


• Семестр II
  • Описания программ
  • Информация об ортологах белка yxiM
  • Поисковая система SRS
  • Поисковая система PubMed
  • Парные выравнивания белков
  • BLAST
  • Множественные выравнивания
  • Паттерны и банк PROSITE
  • Банки Pfam и InterPro
  • Локальные множественные выравнивания, MEME и MAST
  • PSI-BLAST
  
  
  Семестр III
  • Химическое строение нуклеиновых кислот
  • A- и В- формы ДНК. Структура РНК
  • Комплексы ДНК-белок
  • Нуклеотидные банки данных
  • Online BLAST
  • Standalone BLAST
  • EMBOSS
  • Геномные браузеры
  
  
  Семестр IV
  • Филогенетические деревья
  • Реконструкция филогенетических деревьев
  • Укоренение и бутстреп
  • Реконструкция деревьев по нуклеотидным последовательностям. Деревья. содержащие паралоги.
  
  
  • Классификация ферментов (EС)
  • Киотская энциклопедия генов и геномов (KEGG)
  • Функциональная роль гена в подсистеме. GO, SEED
  • Особенности трансмембранных белков
  
  
  • Эволюция доменов
  • Профили
  
  
  Семестр VII
  • Построение и визуализация электронной плотности
  • Восстановление электронной плотности
  • Восстановление кристалла из PDB файла
  • Изучение файла структурных факторов
  • Сравнение структур, полученных ЯМР и РСА
  • Отчёт по качеству РСА расшифровки структуры 3M2M
  • d1: Предсказание вторичной структуры
  • d2: Cовмещение структур
  • d3: Поиск гидрофобных кластеров
  • d4: Построение поверхности
  • d5: Сравнение доменов SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam
  • d6: Использование сайта PDB

---

© Анна Образцова, 25.12.2015