Составление семейства гомологов белка с помощью PSI-BLAST
Выберем случайную последовательность из списка - Q65664. Это идентификатор белка из капсида Brome mosaic virus (вируса, поражающего растение костёр). Запустим BLAST для этой последовательности со значениями параметров Max target sequences 500, Expect threshold 10, PSI-BLAST Threshold 0.005. Результат стабилизировался уже после второй итерации (см. результаты в таблице 1.)
Таблица 1. Информация об итерациях PSI-BLAST для последовательности Q65664
| Номер итерации | Число находок выше порога (0,005) | Идентификатор худшей находки выше порога | E-value этой находки | Идентификатор лучшей находки ниже порога | E-value этой находки |
| 1 | 6 | NP_658998.1 | 1e-88 | NP_040777.1 | 0.009 |
| 2 | 6 | NP_658998.1 | 1e-88 | NP_040777.1 | 0.009 |
| 3 | 6 | NP_658998.1 | 1e-88 | NP_040777.1 | 0.009 |
Маленькое значение e-value для "худшего из лучших" выравнивания (1e-88) и большой отрыв от e-value "лучшего из худших" выравнивания говорит о том, что выровненные последовательности действительно составляют семейство гомологов. Визуальная оценка выравнивания подтверждает, что последовательности очень консервативны (см. рис.1).
|
| Рис.1. Выравнивание последовательностей, найденных с помощью PSI-BLAST. Полноразмерное изображение можно найти здесь. |