Поиск гидрофобных кластеров

Для анализа был выбран белок CypA человека - пептидил-пролил цис-транс изомераза, называемая циклофилин А (PDB код 2CPL). С помощью сервиса Clud проводился поиск гидрофобных кластеров в белке. Программа запускалась три раза с разными параметрами:

  1. по умолчанию: порог расстояния - 5.4 Å; найдено 6 кластеров;
  2. с порогом расстояния 4.5 Å; найдено 8 кластеров;
  3. с порогом расстояния 4.3 Å; найдено 9 кластеров;

Найденные гидрофобные кластеры приведены на рисунках 1, 2 и 3 соответственно запускам программы.

Рис. 1. Гидрофобные кластеры, найденные при пороге расстояния 5.4 Å. 3 кластера размером в 3 атома не показаны. Рис. 2. Гидрофобные кластеры, найденные при пороге расстояния 4.5 Å. 5 кластеров размером менее 10 атомов не показаны.
Рис. 3. Гидрофобные кластеры, найденные при пороге расстояния 4.3 Å (с двух ракурсов). 6 кластеров размером менее 10 атомов не показаны.

Белок содержит один домен (согласно CATH), который можно визуально разделить на три субдомена - β-баррель и две области, сложенных из петель. Гидрофобные кластеры, найденные при пороге расстояния 4.3 Å примерно соответствуют центрам этих субдоменов.

Поиск гидрофобных кластеров на интерфейсе двух цепочек

С помощью того же сервиса был проведён поиск гидрофобных кластеров между разными цепями из структуры 3M2M (крысиный галектин-1). Рассматриваемый белок образует димеры, между которыми возможно наличие гидрофобного кластера, поэтому рассматривались цепи А и В, образующие гомодимер. При пороге расстояния 5.4 Å было найдено три кластера, единственный включающий больше трёх атомов показан на рис. 4. Однако, вероятно, это не самостоятельный гидрофобный кластер, а просто самые близко расположенные гидрофобные атомы из двух разных ядер. На рис. 5 изображены гидрофобные кластеры, найденные при породе расстояния 4.5 Å в середине β-сэндвичей.

Рис. 4. Гидрофобный кластер, найденный между цепями А (синяя) и В (зелёная). Рис. 5. Гидрофобные кластеры, найденные между β-листами цепей А (синяя) и В (зелёная).