Использование сайта PDB

Задание 12

В разделе Advanced Search было выбрано поле Experimental Method и в выпадающем списке выбран пункт ELECTRON MICROSCOPY. Поиск выдал 933 структуры. В разделе Download results в пункте Download: Sequences были выбраны параметры Single FASTA File и uncompressed и был скачан fasta-файл со всеми последовательностями.

Задание 13

Для структуры 2O14 были получены два списка структурных гомологов - один скачан с сайта PDB (получен программой FATCAT), а второй получен сервисом PDBeFOLD (приведены в xlsx-файле). В первом случае в список вошли только находки с P-value < 0.001, и список был сжат через кластеризацию по 40% идентичности последовательностей. Во втором случае только одна находка имеет P-score (отрицательный логарифм P-value) не равный нулю - и это сама исходная структура. То есть можно считать, что PDBeFOLD не нашел приемлемых структурных гомологов для данной структуры.