Изучение файла структурных факторов
Рассмотрим файл структурных факторов, размещенный на сайте PDB для крысиного галектина-1 (PDB код 3m2m).
Файл был скачан с сайта в формате mmCIF. Он содержит информацию обо всех структурных факторах,
полученных в эксперименте, они были переписаны в
xls-файл.
В разделе HEADER содержится следующая информация о структуре:
- дата создания и обновления (поле _audit)
- параметры элементарной ячейки (поле _cell)
- длина волны излучения, использовавшегося в диффракционном эксперименте ( поле _diffrn_radiation_wavelength)
- данные о записи (поле _entry)
- экспериментально полученные параметры кристалла (поле _exptl_crystal)
- детали о шкале измерения структурных факторов (поле _reflns_scale)
- тип симметрии (поле _symmetry)
После раздела HEADER записаны несколько столбцов с данными структурных факторов:
- номер соответствующей записи EXPTL_CRYSTAL о параметрах кристалла (_refln.crystal_id)
- номер соответствующей записи DIFFRN_RADIATION о длине волны(_refln.wavelength_id)
- номер соответствующей записи REFLNS_SCALE о шкале(_refln.scale_group_code)
- индексы рефлекса h, k, l (_refln.index_h, _refln.index_k и _refln.index_l)
- был ли фактор включен в оптимизацию модели и подсчет R фактора (_refln.status)
- значение структурного фактора и его стандартное отклонение (_refln.F_meas_au и _refln.F_meas_sigma_au)
Всего в файле содержатся записи о 18325 структурных факторах, для оптимизации использовалось 17063 структурных факторов (имеют пометку "o" в столбце _refln.status).
Некоторые структурные факторы не были измерены - их можно обнаружить по пропускам в номерах h, k, l. Таблица с индексами некоторых из пропущенных факторов приведена ниже.
| h
|
k
|
l
|
| 0
|
0
|
1
|
| 0
|
0
|
2
|
| 0
|
0
|
3
|
| 0
|
0
|
4
|
| 0
|
0
|
5
|
| 0
|
1
|
4
|
| 0
|
1
|
1
|
| 0
|
-1
|
1
|
| 0
|
-1
|
2
|
| 0
|
-1
|
4
|
| 0
|
2
|
40
|