PSI-BLAST
| Поиск гомологов Q3SXS7_MOUSE с помощью protein blast | ||||||||
| Алгоритм | База данных | PSI-BLAST Threshold | Итерация | Количество гомологов, найденных выше порога | Идентификатор самого плохого гомолога выше порога | E-value этого гомолога | Идентификатор самого хорошего гомолога ниже порога | E-value этого гомолога |
| PSI-BLAST | RefSeq | 0.005 | 1 | 30 | XP_003905673 | 6e-05 | XP_004481317 | 0.01 |
| 2 | 31 | XP_003362758 | 0.001 | YP_970396 | 0.014 | |||
| 3 | 58 | XP_004484190 | 3e-08 | XP_004325904 | 0.013 | |||
| 4 | 63 | XP_003221050 | 8e-07 | XP_003202364 | 0.017 | |||
| 5 | 63 | XP_003905673 | 1e-13 | XP_004325904 | 0.009 | |||
| 6 | 63 | XP_003905673 | 5e-14 | XP_003202364 | 0.017 | |||
Таким образом, с помощью protein blast (алгоритм PSI-BLAST), на пятой итерации было найдено 63 гомолога Q3SXS7_MOUSE. Этот результат можно считать верным, т.к. он воспроизводится при последующих итерациях (шестой и более) и заметна большая разница в порядках E-value гомологов, найденных выше и ниже порога (0.005), - десять порядков (между 1e-13 и 0.009).
Рисунок 1. Множественное выравнивание найденных гомологов Q3SXS7_MOUSE, полученное на сервере BLAST (кликабельно).
Наверх