EMBOSS

EMBOSS (The European Molecular Biology Open Software Suite) - пакет программ, разработанный для молекулярной биологии.

Программа infoseq

Программа infoseq позволяет узнать базовую информацию о сиквенсе.

Параметры программы infoseq
`-only parameter`	показывать только параметр parameter
`-[no]usa`	[не] показывать USA
`-[no]database`	[не] показывать базу данных
`-[no]name`	[не] показывать идентификатор сиквенса
`-[no]accession`	[не] показывать UniProt AC сиквенса
`-[no]type`	[не] показывать тип сиквенса
`-[no]length`	[не] показывать длину сиквенса
`-[no]organism`	[не] показывать организм
`-[no]description`	[не] показывать описание сиквенса
`-[no]heading`	[не] показывать заголовки таблицы
`-[no]columns`	представить stdout программы infoseq в виде колонок или использовать \| в качестве разделителя
`-delimiter '`	использовать ' в качестве разделителя
`-html`	представить stdout программы infoseq в виде html-таблицы
`-outfile file`	направить stdout программы infoseq в файл file

Пример:

usr@home:~$ infoseq sw:uvrb_bacsu -only -name -accession -length -description -html
Display basic information about sequences

Name	Accession	Length	Description
UVRB_BACSU	P37954	661	UvrABC system protein B (Protein UvrB) (Excinuclease ABC subunit B) (Protein DinA)

usr@home:~$ infoseq sw:uvrb_bacsu -nousa -nodatabase -notype -noorganism -html
Display basic information about sequences

Name	Accession	Length	Description
UVRB_BACSU	P37954	661	UvrABC system protein B (Protein UvrB) (Excinuclease ABC subunit B) (Protein DinA)

usr@home:~$ █

Программа needle

Программа needle реализует алгоритм Нидлмана-Вунша для построения глобального парного выравнивания.

Параметры программы needle
`-gapopen`	штраф за открытие гэпа [10.0]
`-gapextend`	штраф за продолжение гэпа [0.5]
`-datafile`	матрица весов замен [BLOSUM62 для белков, DNAFULL для ДНК]
`-endweight`	штрафовать за "крайние" гэпы [нет]
`-endopen`	штраф за открытие "крайнего" гэпа [10.0]
`-endextend`	штраф за продолжение "крайнего" гэпа [0.5]
`-[no]brief`	[не] показывать Identity и Similarity [показывать]

* В квадратных скобках указаны cтандартные значения параметров программы needle.

Программа water

Программа water реализует алгоритм Смита-Ватермана для построения локального парного выравнивания. Программа имеет те же параметры, что и программа needle, за исключением параметров -endweight, -endopen и -endextend.

Литература:

О программах EMBOSS Наверх