Ортологи UVRB
| Ортологи UVRB | ||||
| ID | UniProt ID | UVRB_BACSU | UVRB_BACCR | UVRB_BACAN |
| AC | UniProt AC | P37954 | Q815I3 | Q81X47 |
| GN | Локус(ы) кодирующего гена | BSU35170 | BC_5168 | BA_5396 GBAA_5396 BAS5016 |
| DE | Рекомендуемое название | Полное: UvrABC system protein B Краткое: Protein UvrB |
||
| OC | Таксономия | Домен: Bacteria Тип: Firmicutes Класс: Bacilli Отряд: Bacillales Семейство: Bacillaceae Род: Bacillus |
||
| OS | Вид | Bacillus subtilis (strain 168) | Bacillus cereus (strain ATCC 14579/DSM 31) |
Bacillus anthracis |
| OX | NCBI Taxonomy ID | 224308 | 226900 | 1392 |
| DR | EMBL ID | AL009126 | AE016877 | AE016879 |
| PDB ID | 2D7D 2NMV 3V4R |
|||
| FT | Спорный участок | 178D -> A | ||
| Домены | • АТФ-связывающий домен • C-концевой домен • Uvr-домен |
|||
| Мотив | β-шпилька | |||
| CC | Механизм действия | UvrABC-репарационная система распознаёт и исправляет повреждения ДНК. UvrA- и UvrB-гетеродимеры образуют гетеротетрамерный комплекс, который сканирует ДНК на наличие повреждений. При связывании UvrA-UvrB-гетеротетрамерного комплекса с предположительно повреждённым сайтом, ДНК оборачивается вокруг одного из UvrB-мономеров. Оборот ДНК зависит от связывания UvrB-мономера с АТФ, что вызывает локальное подплавление двойной спирали ДНК, облегчая вставку β-шпильки UvrB-мономера между двумя цепями ДНК. Затем данный UvrB-мономер сканирует одну из цепей ДНК на наличие повреждений. Если повреждение обнаружено, UvrA-гетеродимер диссоциирует, и UvrB-гетеродимер образует инцизионный комплекс с UvrC-мономером, вследствие чего UvrB-мономер, просканировавший одну из цепей ДНК, освобождается. Если повреждений не обнаружено, ДНК оборачивается вокруг другого UvrB-мономера, который будет сканировать другую цепь ДНК на наличие повреждений. | ||
| Локализация | Цитоплазма клетки | |||
| PE | Существование | Доказано на уровне белка | Выведено по гомологии | |
| SQ | Сиквенс | 661 AA, 76327 Da | 568 AA, 75180 Da | 568 AA, 75163 Da |
| RN | Номер статьи | 2 | 1 | 1 |
| RX | PubMed ID статьи | 9384377 | 12721630 | 12721629 |
| RA | Авторы статьи | Kunst F., Ogasawara N., Moszer I. et al. | Ivanova N., Sorokin A., Anderson I. et al. | Read T., Peterson S., Tourasse N. et al. |
| RT | Название статьи | "The complete genome sequence of the Gram-positive bacterium Bacillus subtilis" | "Genome sequence of Bacillus cereus and comparative analysis with Bacillus anthracis" |
"The genome sequence of Bacillus anthracis Ames and comparison to closely related bacteria" |
| RL | Журнал | Nature 390, 249-256 (20 November 1997) |
Nature 423, 87-91 (1 May 2003) |
Nature 423, 81-86 (1 May 2003) |
| DT | Дата создания файла | 01 October 1994 | 07 March 2006 | 07 March 2006 |
| Дата последнего изменения файла | 09 January 2013 | 09 January 2013 | 09 January 2013 | |
* Информация об ортологах UVRB получена из следующих файлов:
• uvrb_bacsu.entret
• uvrb_baccr.entret
• uvrb_bacan.entret
• uvrb_bacsu.entret
• uvrb_baccr.entret
• uvrb_bacan.entret
Поиск ортологов UVRB в UniProt
Будем искать ортологов UVRB в UniProtKB. В поле "Taxonomy [OC]" выбираем "Bacillus [1386]", затем в поле "Protein name [DE]" задаём "uvrB". Видим, что найден 261 ортолог UVRB, среди которых 11 аннотированы, а 250 не аннотированы. Также видим, что 45 ортологов UVRB найдены в полном протеоме организма и для трёх ортологов присутствует ссылка на протеом.
Рисунок 1. Страница поиска ортологов UVRB в UniProt.
Перейти к поиску ортологов UVRB в UniProt
Наверх