Функциональная роль гена в подсистеме. GO, SEED.

Предполагаемый липопротеин островка патогенности:

• UniProt AC: B5QV48

• KEGG ID не указан в аннотации UniProt, поэтому с помощью blastp был найден на 99% похожий белок,
в аннотации UniProt которго указан KEGG ID: stm:STM1409

• Принадлежит к бактериальной секреторной системе III типа, характерной для патогенных грамотрицательных бактерий. Игольчатая структура этой секреторной системы позволяет патогенной бактерии инфицировать эукариотическую клетку, непосредственно в неё секретируя патогенный белок, который, таким образом, может избегать иммунного ответа.

• Термины GO:

GO AC	Тип	Значение	Описание
GO:0009306	Биологический процесс	1. Гликопротеиновая секреция 2. Белковая секреция во время клеточной дифференцировки 3. Белковая секреция в результате клеточной дифференцировки	Контролируемая секреция белков из клетки
GO:0016021	Клеточный компонент	Интегрированный в мембрану (трансмембранный)	Компонент мембраны, состоящий из генных продуктов и белковых комплексов, которые содержат фрагмент, пронизывающий по крайней мере один листок мембранного бислоя. Этот компонент включает в себя генные продукты, которые полностью погружены в мембранный бислой и не выступают из него.
GO:0009279	Клеточный компонент	Наружная мембрана клетки	Липидный бислой, образующий наружную мембрану клеточной оболочки, обогащенный белками и полисахаридами. Внешний листок липидного бислоя содержит специфичные липополисахаридные структуры.

• SEED assignment: данный белок образует "мостик" через периплазму между липопротеинами внутренней и наружной мембран у патогенных грамотрицательных бактерий в секреторной системе III типа.

• Ген: ssaJ

• Карта окрестностей гена ssaJ в отобранных бактериях:

Карта окрестностей гена ssaJ в отобранных бактериях. Параметры отбора бактерий:
• Region Size (bp): 30 000
• Number of Regions: 15
• Evalue cutoff for selection of pinned CDSs: 1e-10
• Evalue cutoff for coloring CDS sets: 1e-10
• Coloring algorithm: Slower (but exact)
• update with selected: отобрано 12 бактерий, принадлежащих к разным родам.
• значения остальных параметров изменены не были.

• Множественное выравнивание ортологов данного белка: ssaJ_products.jar

• Excel-таблица окрестностей гена ssaJ в отобранных бактериях: ssaJ.xlsx

• В окрестностях гена ssaJ в отобранных бактериях на заданном пороге e-value были найдены гены, принадлежащие к той же подсистеме и кодирующие структурные и регуляторные белки бактериальной секреторной системы III типа. В некоторых отобранных бактериях некоторые гены не были найдены, возможно, потому, что они расположены на расстоянии более чем 15 000 bp от гена ssaJ. На карте окрестностей гена ssaJ в отобранных бактериях можно видеть, что гены, принадлежащие к одной подсистеме, могут быть расположены в разном порядке и могут иметь разное направление. Несмотря на это, гены, принадлежащие к одной подсистеме, группируются преимущественно вместе, возможно, для удобства регуляции их экспрессии.