Для исследования был выбран Btk мотив (BTK-motif) — цинк-связывающий мотив, содержащий консервативные цистеины и гистидин, который присутствует в некоторых сигнальных белках эукариот. Мотив назван в честь тирозинкиназы Брутона (Btk), фермента, необходимого для созревания B-клеток у человека и мыши. Некоторая информация и описание результатов работы представлено в таблице.
| Таблица 11-3 | Информация |
|---|---|
| Выравнивание seed | AC: PF00779, summary name: BTK motif, число последовательностей в выравнивании: 55, число позиций: 32 |
| Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) | Колонки 16-22 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 16:C, 17:C, 21:G, 22:C |
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности. (МДБ-notAll) | Колонки 3-31, последовательности 1-15 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 3:H, 4:P, 6:[AV](15 из 16), 8:[ILV], 10:G, 14:W, 15:L, 16:C, 17:C, 22:[ED], 26:G, 27:C, 30:[CV], 31:[T] |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. | Колонки 21-23* |
*Комментарий к not_CONS: выбранный домен содержит последовательности с высоким уровнем идентичности, поэтому недостоверный участок выравнивания выбрать крайне сложно. 3 идущих подряд неконсервативные колонки располагаются между консервативными цистеинами и вместе с ними образуют максимально достоверный блок, удовлетворяя всем критериям МДБ. Даже если сформировать группы по этим неконсервативным колонкам всё равно будут выделяться 9 групп, содержащих не менее двух схожих последовательностей. Это говорит о том, выравнивание отражает ход эволюции, просто на этом участке накоплено больше аминокислотных замен, т.е. последовательности сильнее дивергировали от общего предка ввиду небольшой функциональной значимости рассматриваемого участка. Также можно отметить, что у одной последовательности в позициях 12-13, вероятно, произошла двунуклеотидная вставка (NA).
Для каждого пункта создано выравнивание, окна имеют соответствующие названия: МДБ-all - максимальный блок достоверного выравнивания, включающий фрагменты из всех последовательностей; МДБ-notALL - максимальный блок достоверного выравнивания, включающий фрагменты не из всех последовательностей; notCONS- участок выравнивания, на котором нет основания считать, что выравнивание отражает ход эволюции.