Белок 1MQ7

Структура в целом

Тип макромолекулы: белок, по функции гидролаза, а точнее дезоксиуридин 5'-трифосфат нуклеотидгидролаза (deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase)

Полимерные цепи: одна полимерная цепь А

Цепи биологической единицы: биологическая единица (biological assembly) – гомотример, состоящий из трёх идентичных цепей А

Рисунок 1. Белок 1MQ7

Цепь А

Длина цепи в аминокислотах: 154

Молекулярная масса в Дальтонах: 16.07

Метод получения структуры: ренгеновская диффракция (X-RAY DIFFRACTION)

Разрешение в ангстремах: 1.95 Å

Организм: Mycobacterium tuberculosis

UniProt ID: P9WNS5

Мутации: 0 (в последовательности нет мутаций относительно референса из Uniprot)

Функция: участие в метаболизме нуклеотидов. Белок катализирует превращение из дУТФ (dUTP) дУМФ (dUMP), непосредственного предшественника тимидиловых нуклеотидов, тем самым снижая внутриклеточную концентрацию дУТФ (dUTP), чтобы урацил не мог быть включен в ДНК.

Каталитическая активность: dUTP + H2O = dUMP + diphosphate + H+

Рисунок 2. Цепь А

Вторичная структура белка

Можно выделить одну альфа спираль, несколько бета листов и неупорядоченные структуры, например, в молекуле присутствует временно упорядоченная C-концевая петля, которая дополнительно способствует катализу, экранируя общее основание, Asp83 (аспартат 83), от растворителя, тем самым повышая его pK(a), чтобы он, в свою очередь, мог активировать прочно связанную молекулу воды для нуклеофильной атаки.

Рисунок 3. Цепь А с покрашенными вторичными структурами

Малые молекулы

2-Amino-2-Hydroxymethyl-Propane-1,3-Diol (TRIS буфер)

Органический амин, акцептор протонов в качестве биологического буфера.

Рисунок 4. TRIS буфер

Кофактор Mg2+

В статье, анализирующей структуру белка, предполагается, что включение иона магния важно для стабилизации положения альфа-фосфора при согласованной (in-line) нуклеофильной атаке. В отсутствие магния альфа-фосфат дУТФ (dUTP) может занимать одно из двух положений, различающихся на 4,5 Ангстрема. Таким образом, выявляются общие черты в каталитическом механизме рассматрваемого белка и ДНК-полимеразы бета, связанной с магнием и аналогом дНТФ (дезоксинуклеозидтрифосфата). Примечание: в записи PDB-файла отсутстует упоминание иона магния в качестве кофактора, поэтому я продемонстрировала взаимодействие белка только с TRS-буфером.

Строки PDB-файла: PDB-format_1MQ7

Рисунок 5. Взаимодействия с молекулой TRS