Я попробовала найти стебли тРНК методом поиска инвертированных пар программой einverted пакета EMBOSS. Ниже привожу вывод программы:
EMBOSS_001: Score 15: 7/9 ( 77%) matches, 0 gaps
1 ggccccatc 9
|||| | ||
31 ccggcgcag 23
EMBOSS_001: Score 15: 10/15 ( 66%) matches, 0 gaps
34 ctcaaggccgaaacg 48
| | ||| ||| ||
69 ggggtcccccttagc 55
Данный результат не отражает положение стеблей. Поэтому, для дальнейшей работы структура была предсказана алгоритмом Зукера (Рис. 1)
Также я составила таблицу сравнения предсказаний структур разными методами(Табл. 1)
| Позиции в структуре(find pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера | |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 1-7, 66-72 | - | 1-7, 65-71 |
| D-стебель | 10-14, 21-25 | - | 9-13, 22-26 |
| Антикодоновый стебель | 26-32, 38-44 | - | 27-31, 39-43 |
| T-стебель | 49-53, 61-65 | - | 48-52, 60-64 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 24 | 24 | 24 |
Ниже представлена таблица с описаниями всех контактов ДНК и белка
| Место контакта | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| остаток 2'-рибозы | 8 | 54 | 62 |
| остаток фосфорной кислоты | 13 | 11 | 24 |
| остаткок азотистого основания со стороны большой бороздки | 1 | 8 | 9 |
| остаток азотистого основания со стороны малой бороздки | 4 | 7 | 11 |
Так же были написаны два скрипта для JMol: первый для определения множеств атомов кислорода в сахаре, остатках фосфорной кислоты и азота в азотистых основаниях (Здесь), второй для демонстрации (Здесь).
С помощью программы nucplot я получил детализацию всех ДНК-белковых контактов (Рис. 2, 3)
Изучив информацию, полученную в результате работы nucplot, для подробного изучения был выбран аспарагин 140 из обоих цепей белка, поскольку он имеет больше всего контактов. Белок в структуре является эндонуклеазой рестрикции, поэтому данный аспарагин может быть ключевым в узнавании сайта рестрикции. Изображение контактов приведено ниже (Рис. 3, 4).
