Простейший профиль: частотная матрица
Четвертый семестр
Построение профиля по участку выравнивания программой prophecy
Файл с частичным выравниванием паттернапо данному выравниванию с помощью программы prophecy была построена частотная матрица : rs8.prophecy В файле rs8.prophecy содержится частотная матрица, консенсусная последовательность и ее длина, и информация о некоторых параметрах, с которыми запускалась программа (имя матрицы, пороговое значение).
Поиск участков, дающих счёт выше 50 при сравнении с созданным вами профилем
Поиск производился с порогом 50, т.к. поиск с порогом 30 дал огромное количество неверных результатов.| c весом 50 и больше | 746 |
| c весом 60 и больше | 627 |
| c весом 70 и больше | 482 |
| c весом 80 и больше | 206 |
| c весом 90 и больше | 69 |
Список находок и его сравние со списком всех белков подсемейства
Рассмоторим список находок с весом большим или равным 83 :Число верных находок ("True positive hits", TP) = 150;
Число ложных находок ("False positive hits", FP) = 17;
Число ненайденных белков подсемейства ("False negatives", FN) = 10;
Чувствительность TP/(TP+FN) = 93,75%;
Селективность TP/(TP+FP) = 89,82%;
Чувствительность и селективность профиля выше, чем у паттерна.
Построение ROC-кривой
Зависимость числа верных находок (TP) от числа ложных (FP).
Зависимость чувствительности (Sensivity=TP/(TP+FN)) от числа ложных (FP).
