Задание 1
Четвертый Семестр
Занятие 3.
1. Укоренение в среднюю точку
Скобочная формула полученного дерева
Укоренение произошло в ветвь {THETN} vs {LACAC, ENTFA, STAES, LISMO, GEOKA, BACAN, BACSU}, что совпадает с укоренением правильного дерева.
Нетривиальные ветви :
1). {THETN, GEOKA} vs {LACAC, ENTFA, STAES, LISMO, BACAN, BACSU}
2). {BACAN,LACAC} vs {THETN, GEOKA, ENTFA, STAES, LISMO, BACSU}
3). {THETN, GEOKA, BACAN,LACAC} vs {ENTFA, STAES, LISMO, BACSU}
4). {ENTFA, STAES} vs {THETN, GEOKA, BACAN,LACAC, BACSU, LISMO}
5). {THETN, GEOKA, BACAN,LACAC, BACSU} vs {ENTFA, STAES, LISMO}
нетривиальные ветви полученного дерева не совпадают с нетривиальными ветвями правильного дерева см. предыдущее задание
Почему это нельзя сделать с деревьями, построенными методом максимальной экономии? Поскольку для укоренения в среднюю точку нужно найти максимальное расстояние между двумя листьями, а метод максимальной экономии не учитывает длины ветвей.
Почему это не имеет смысла делать с деревом, построенным методом UPGMA? UPGMA строит уже укорененное дерево.
2. Использование внешней группы
Скобочная формула полученного дерева
Укоренение произошло в ветвь {THETN, ECOLI} vs {LACAC, ENTFA, STAES, LISMO, GEOKA, BACAN, BACSU}, что совпадает с укоренением правильного дерева(если не рассматривать ECOLI).
С правильным деревом совпали нетривиальные ветви :
1). {GEOKA, BACAN, BACSU} против {STAES, LISMO, LACAC, ENTFA, THETN}
2). {LACAC, ENTFA} против {THETN, STAES, LISMO, GEOKA, BACAN, BACSU}
3. Бутстрэп
+-------GEOKA
+--87.7-|
+--83.1-| +-------BACAN
| |
+--43.9-| +---------------BACSU
| |
| | +-------LACAC
+-------| +----------31.6-|
| | +-------ENTFA
| |
| | +-------THETN
| +------------------41.2-|
| +-------STAES
|
+---------------------------------------LISMO
Павильные ветви :
1). {LACAC, ENTFA} против {THETN, STAES, LISMO, GEOKA, BACAN, BACSU} 31.6
2). {GEOKA, BACAN, BACSU} против {STAES, LISMO, LACAC, ENTFA, THETN} 83.1
Неправильные ветви :
3). {THETN, STAES} против {LACAC, ENTFA, LISMO, GEOKA, BACAN, BACSU} 41.2
4). {LISMO, THETN, STAES} против {LACAC, ENTFA, GEOKA, BACAN, BACSU} 43.9
5). {GEOKA, BACSU} против { BACAN, STAES, LISMO, LACAC, ENTFA, THETN} 87.7
Получилось такое же дерево, что и с помощью только fprotpars.
Выходной файл fconsense
Правильные ветви, не включенные в дерево:
{STAES, LISMO, GEOKA, BACAN, BACSU} vs {LACAC, ENTFA, THETN} - нет среди невключенных ветвей;
{LISMO, GEOKA, BACAN, BACSU} vs {STAES, LACAC, ENTFA, THETN} .*...*** 0.93
{BACAN, BACSU} vs {GEOKA, STAES, LISMO, LACAC, ENTFA, THETN} ..*.*... 1.67