| Расчёт энергии сольватации димера из двух мономеров полиэтиленгликоля методом FEP |
На Главную Шестой семестр |
|||
Построение топологии остатка EGLРазобьем димер на 2 остатка рассчитаем частичные заряды на атомах, используя метильную групппу как заглушку. Используя полученные значения зарядов, построим топологию остатка EGL и добавим ее в файл aminoacids.rtp в папке /amber99sb.ff. Подготовка к динамикеПостроение файла .gropdb2gmx -f glyme.pdb -o dimer -p dimer -ff amber99sb -water tip3pОтступ 1 nm editconf -f dimer.gro -o dimer_ec -d 1Создание .tpr и запуск минимизации grompp -f em -c dimer_ec -p dimer -o dimer_em -maxwarn 1 mdrun -deffnm dimer_em -vДобавление в ячейку молекулы воды genbox -cp dimer_em -p dimer -cs -o dimer_s grompp -f em -p dimer -c dimer_s -o dimer_s -maxwarn 1Утряска воды grompp -f pr -c dimer_s -p dimer -o dimer_pr -maxwarn 1 mdrun -deffnm dimer_pr -vМоделирование на 100 ps grompp -f md -c dimer_pr -p dimer -o dimer_md -maxwarn 1 mdrun -deffnm dimer_md -v |
||||