Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS
Шестой семестр
Визуальный анализ траекторий
Метод Берендсена
С вращательными и поступательными движениями et_be_rot.pdb и без et_be.pdb.Молекула вращется сначала вокруг связи С-С, а затем вокруг своего центра масс. Слегка изменяются длины связей и углы.
Метод перемасштабирования скоростей
С вращательными и поступательными движениями et_vr_rot.pdb и без et_vr.pdb.Вращается вокруг связи С-С, затем вокруг центра масс, но менее активно, чем в предыдущем случае. Слегка изменяются длины связей и углы.
Метод Нуза-Хувера
С вращательными и поступательными движениями et_nh_rot.pdb и без et_nh.pdb.Вращается только вокруг связи С-С. Изменяются длины связей и углы. Молекула очень часто принимает энергетически невыгодную заслоненную конформацию.
Метод Андерсена
С вращательными и поступательными движениями et_an_rot.pdb и без et_an.pdb.Длины связей и углы почти не меняются. Молекула не вращается.
Метод Стохастической молекулярной динамики
С вращательными и поступательными движениями et_sd_rot.pdb и без et_sd.pdb.Молекула быстро перемещается по ячейке и вращается вокруг центра масс. Длины связей и углов меняются. Иногда молекула принимает заслоненную конформацию, но надолго в ней не задерживается.
Сравние потенциальной энергии связей и кинетической энергии
Красным отмечены значения потенциальной энергии, а зеленым - кинетической.Метод Берендсена
Метод перемасштабирования скоростей
Метод Нуза-Хувера
Метод Андерсена
Метод Стохастической молекулярной динамики
В методе Берендсена и кинетическая, и потенциальная энергии выходят на плато, причем кинетическая энергия постепенно растет, а потенциальная - убывает. В методе Андерсена потенциальная и кинетическая энергии изменяются в узком диапазоне значений, и кинетическая энергия близка к 0. В методе Нуза-Хувера большинство значений энергий сосредоточены в довольно узком диапазоне, хотя есть точки со значительно более высокой энергией. Графики распределения значения энергий для метода перемасштабирования скоростей и метода стохастической динамики похожи между собой. Значения энергий лежат в довольно широком интервале, причем большинство точек попадает ближе к его середине.
Распределение длины связи С-С за время моделирования
Метод Берендсена
Метод перемасштабирования скоростей
Метод Нуза-Хувера
Метод Андерсена
Метод Стохастической молекулярной динамики
Лучше всего распределение Больцмана воспроизводят методы стохастической МД и перемасштабирования скоростей,а методы Нуза-Хувера и Берендсена - чуть хуже. Распределение длин свзей при использовании метода Андерсена на больцмановское совсем не похоже.