Практикум 10. Выравнивание.

Во время выполнения практикума были проведены парные выравнивания последовательности белка с имитирующими мутации последовательностями того же белка.

Методы

Для получения кодирующей последовательности белка из генома бактерии использовалась команда пакета EMBOSS seqret sequence.fasta -sbeg 683742 -send 685043 -filter > CDS.fasta. Далее кодирующая последовательность была транслирована командой transeq CDS.fasta -frame -1 -filter > translated.fasta и выровнена с полученной ранее последовательностью командой needle translated.fasta Q07982.fasta -auto -aformat msf -filter | infoalign -filter. Изменений не было обнаружено.

Мутации нуклеотидной последовательности производились вручную в текстовом редакторе. Затем была проведена трансляция последовательностей и выравнивание их с изначальной последовательностью с помощью команд transeq и needle. Учитывалось обратное направление цепи (опция transeq -frame -1).

Результаты

Все полученные результаты можно посмотреть в данной таблице.

Можно заключить, что изменение рамки считывания делецией нуклеотида может привести к полному изменению кодирующей последовательности белка, вплоть до полной потери им функций. Однако при делеции сразу нескольких нуклеотидов изменения могут быть не так значительны при отсутствии сдвига рамки считывания (иначе говоря, просто вырезается аминокислотный остаток). Также возможны проявления вырожденности генетического кода. Например, результаты мутаций 6 и 7 оказались идентичными из-за кодирования глицина кодонами GGC и GGU (на мРНК).