Практикум 7. Сигналы и мотивы.
Задание 1.
Матрица с информационным содержанием (IC) последовательностей Козак (вариант 4): xlsx.
Рисунок 1. Выдача программы LOGO.
Так как IC выравнивания равно 10.39, сигнал достаточно слабый.
Задание 2.
Был осуществлён поиск FIMO мотива, найденного в предыдущем практикуме. Выдача FIMO представлена на Рис. 2. Получено 8 находок. Ранее, при поиске данного мотива, мотив был обнаружен тоже в 8 генах.
Параметры FIMO: fimo --oc . --verbosity 1 --thresh 1.0E-4 --norc motifs.meme sequence.fasta
Рисунок 2. Выдача FIMO при поиске по изначальному геному коронавируса.
Для построения LOGO по последовательностям Козак было получено окружение (-4,4) поздних генов коронавируса (файл). Результат (Рис. 3) значительно отличается от последовательности Козак человека (оптимальный контекст для млекопитающих: GCCRCCAUGG).
Рисунок 3. LOGO для последоватеьностей Козак коронавируса.
Для подтверждения правильности находки мотива для анализа были взяты другие коронавирусы: другой штамм того же вида (геном) и близкородственный вид (геном). При тех же параметрах был осуществлён поиск мотива по эти геномам (Рис. 4 и Рис. 5).
Рисунок 4.Выдача FIMO для другого штамма.
Рисунок 5.Выдача FIMO для другого вида.
В обеих выдачах оказалось по 7 удовлетворительных находок с низким p-value. Можно говорить, что мотив довтоверный. Однако данные таксономии говорят, что другой вид коронавируса относится к неклассифицированной группе. Таким образом, допустимо сходство в выдачах для трёх геномов, и нельзя точно утверждать о специфичности сигнала для вида.