Последовательности и структуры нуклеиновых кислот

I. Химическое строение нуклеиновых кислот

• Структуры нуклеотидов и фрагментов нуклеиновых кислот
• Сопоставление структуры водородных связей в канонических и теоретически возможных неканонических парах тимина и других оснований

II. A- и В- формы ДНК. Структура РНК

• Характеристики различных структур ДНК, сравнение структур 3-х форм ДНК с помощью средств JMol
• Характеристики ДНК из структуры 1RH6
• Характеристики РНК тз структуры 1GTR

III. Комплексы ДНК-белок

• ДНК-комплексы с белками (на примере структуры 1RH6)
• Предсказание вторичной структуры тРНК из 1RTR

IV. Нуклеотидные банки данных

• Поисковая система SRS

V. Нуклеотидный BLAST

• Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности
• Поиск гомолога белка человека в геноме африканского слона
• Поиск некодирующих последовательностей программой BLAST

VI. Standalone BLAST

• Поиск в геноме участков, кодирующих белки, похожие на заданный
• Поиск гомологов некодирующих последовательностей программой BLASTN
• Поиск гомологов при изменённых параметрах программы BLASTN
• Анализ полученных данных

VII. EMBOSS

• Программа getorf пакета EMBOSS
• Файлы-списки
• EnsEMBL

VIII. Геномные браузеры

• UCSC
• Ensembl

---