учебная страница панькиной вари

PDB-практикум: выдержка о белке 3VO0.

Структура в целом

Тип макромолекулы - белок, тип белка - гидролаза.

Представлен (зафиксирован эксперементельно) одной цепью - А.

Соответсвенно в одну биологическую единицу входит одна цепь, А.

Вторичная структура гидролазы
Вторичная структура гидролазы

Отдельные цепи

Данная молекула относится к бактерии Acidobacterium capsulatum

Из базы Uniprot: uniprot_id C1F2K5, название Beta-glucuronidase C-terminal domain-containing protein, функция - точного указания функции в разделенет, но в Features указаны сайты связывания (Binding site) бета-D-глюкуроновой кислоты (GUF).

Мутаций в последовательности и модифицированных остатков не обнаружено.

Малые молекулы

Картинка активного центра с микромолекулой
GUF в активном центре гидролазы

GUZ 2-DEOXY-2-FLUORO-ALPHA-D-GLUCOPYRANURONIC ACID
GUF 2-DEOXY-2-FLUORO-BETA-D-GLUCOPYRANURONIC ACID
DNF 2,4-DINITROPHENOL
PO4 PHOSPHATE ION

Соответствующие строки в файле pdb

Исходя из статьи, прикрепленной на pdb, GUF является лигандом данного энзима, в то время как PO4 – часть буфера, в котором проводили исследование, а DNF участвует в mechanism-based inhibition, использовался для идентификации нуклеофилов в активном центре фермента.

Полезные ссылки

Гайд по формату, и ещё о формате.