11. Pfam-практикум
1. Характеристики домена
| Ключ | Информация | Комментарии |
| AC pfam | Имеет вид PF00039 | |
| ID pfam | fn1 | |
| SEED | число последовательностей в выравнивании SEED: 54 | |
| All | Число всех белков с доменом семейства: 22291 | |
| SW | Белков с доменом SwissProt: 27 | |
| architectures | Число разных доменных архитектур: 268 | Часто представлен в начале и конце белка по 3-5 копий (домен является повтором), вместе с несколькими доменами (тоже повторами) fn2 и 7-10 доменами fn3 -- в классическом фибронектине, а также он представлен в других факторах свертывания крови |
| 3D | В базе представлено 26 структур | представлен двумя антипараллельными бета-листами, причем первый двуцепочечный соединен со вторым трехцепочечным через дисульфидные связи (4 консервативных остатка цистеина). |
| Taxonomy | У Прокариот не обнаружен. Eukariota, Chordata, преимущественно Craniata (4k), Vertabrata, Teleostei | Преимущественно представлен у Позвоночных Vertebrata |
По функции можно отдельно отметить, что домен учавствует в связывании с фибрином (см architectures).
2. Выравнивание доменов в seed с точки зрения гомологии
| Характеристика | Информация | Комментарии | |
| Записей в выравнивании seed | 54 | Дальнейшее расширение колонок невозможно, тк в конечной колонке либо не все аминокислоты хотябы функционально гомологичны, либо начинаются гэпы | |
| Максимальный достоверный блок, включающий ВСЕ последовательности (МДБ-all) | 30:32 | Консервативный блок, ограниченный двумя консервативными цистеинами | |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 30:C, 32:С | ||
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности. (МДБ-notAll) | Колонки: от 1 до 18. Последовательности: от 1й до 6й. | ||
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | Абсолютно консервативные: 1:C, 2:F, 3:E, 4:P, 5:Q, 9:F, 10:F, 11:H, 14:E, 16:W. Функционально консервативные: 6:[L, F], 7:[L, F], 18:[R, K]. | Колонки 8, 12 13, 15 не консервативные | |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. | Колонки от 8 до 17. |
3. Dot-plot разных доменных архитектур
| доменная архитектура 1 | PF00039 - PF00008 - PF00051 - PF00089 | |
| Белок с архитектурой 1 | P15638 | Salivary plasminogen activator alpha 2 |
| доменная архитектура 2 | PF00039 - PF00051 - PF00051 - PF00089 | |
| Белок с архитектурой 2 | B4DNJ1 | t-plasminogen activator |
На графике иллюстрируются даннные, представленные в таблице. Действительно, у этих белков домены идут в одном порядке и практически полностью повторяют друг-друга, за исключением EGF-like домена (PF00008), представленного только в P15638. А также в области 210 ак этого белка есть индель, не выравнивающийся с B4DNJ1. В остальных местах белки хорошо выравниваются между собой.