На главную страницу
На главную страницу четвертого семестра

Филогенетическое дерево и его реконструкция

Дополнительные задания

  1. Проведем анализ выравнивание "листьев" двумя методами: bootstrep (см. Задание 3) и jackknife.
    Для jackknife-анализа используем программу fseqboot с параметром -test j: 

    fseqboot list.fasta -test j -auto
fdnaml list.fseqboot -ttratio 1 -auto
fconsense list.treefile

    Полученное дерево полностью совпадает с деревом, полученным с помощью алгоритма bootstrep, совпадают и бутстреп-значения внутренних ветвей.

    jackknife bootstrep 
                    +--------------------B
         +100.0-|
         |      |      +-------------A
         |      +100.0-|
  +------|             |      +------E
  |      |             +100.0-|
  |      |                    +------F
  |      |
  |      +---------------------------D
  |
  +----------------------------------C
 
                    +--------------------B
         +100.0-|
         |      |      +-------------A
         |      +100.0-|
  +------|             |      +------E
  |      |             +100.0-|
  |      |                    +------F
  |      |
  |      +---------------------------D
  |
  +----------------------------------C

    Таким бразом, не смотря на различия в алгоритмах, оба метода показали, что топологии деревьев, реконструированные в Задание 3, достоверны.

  2. С помощью программы fretree укореним дерево, построенное алгоритмом Neighbor-joining. 

    fneighbor list.fdnadist list.fneighbor -treeprint NJ.treefile
fretree 6 NJ.treefile NJ.fretree
    Далее, дерево укоренено в центральной точке (команда M) и замисано в файл NJ.fretree (последовательно команды W, R).

  3. Программой fdrawgram визуализируем полученное дерево: 

    fdrawgram NJ.fretree NJ.ps -style p
    (параметр -style p – изображение в виде филограммы)

  4. Программа fdnamlk восстанавливает исходного предка методом максимального правдоподобия. Применим ее для листьев и сравним полученного "предка" с реальным: 

     fdnamlk list.fasta NJ.fretree list.fdnamlk -ttratio 1 -hypstate Y
    Полученная "предковая последовательность" имеет процент идентичности с исходной 65%, различия есть не только на синонимичных позициях (выравнивание).
    Это немного, хотя некоторые несовпадающие нуклеотиды заданы множеством (X или Y, например).

    Таким образом, невозможно определить исходного предка по современным листьям.

©Семенюк Павел