Лого сайта
EMBOSS
Infoseq - это часть пакета EMBOSS, консольная программа используемая для поиска и отображения информации о последовательностях на основе информации из БД. С помощью нее также можно искать информацию о белках. Рассмотрим команды этой программы:
флаг команды по умолчаниюописаниепример
-outfile не используется имя файла для вывода infoseq -outfile ~/test/1.txt sw:CLPQ_BACSU
-html не используется вывод в вите HTML infoseq -html -outfile ~/test/1.txt sw:CLPQ_BACSU
-columns испльзуется форматирование колонками(иначе-разделителем)
-delimeter не использутеся задание своего разделителя
-help вывод справки infoseq -help
no префикс остальных флагов для отрицания infoseq -noname
-only не используется вывести только указаное флагами после этого
-ac используется вывод кода доступа
-length используется вывод длины последовательности
-name использутеся вывод названия белка
-description используется вывод описания
-organism используется вывод названия организма-источника
Пример использования "infoseq -only -name -accession -description -length sw:CLPQ_BAC* -outfile ~/public_html/1.txt "

Команда infoseq
Показыавет базовую информацию о белковых последовательностях. Часть пакета биоинформатических программ EMBOSS
Пример использования "infoalign ~/term2/block1/pr5/2_para_2.fasta ~/term2/block1/pr5/2_para_2.fasta.infoal"
тут ~/term2/block1/pr5/2_para_2.fasta - фаил входных данных; ~/term2/block1/pr5/2_para_2.fasta.infoal - файл полученных данных
Настройка основного форматирования файла выходых данных идентична таковой в программе infoseq