флаг команды | по умолчанию | описание | пример |
-outfile | не используется | имя файла для вывода | infoseq -outfile ~/test/1.txt sw:CLPQ_BACSU |
-html | не используется | вывод в вите HTML | infoseq -html -outfile ~/test/1.txt sw:CLPQ_BACSU |
-columns | испльзуется | форматирование колонками(иначе-разделителем) | |
-delimeter | не использутеся | задание своего разделителя | |
-help | вывод справки | infoseq -help | |
no | префикс остальных флагов для отрицания | infoseq -noname | |
-only | не используется | вывести только указаное флагами после этого | |
-ac | используется | вывод кода доступа | |
-length | используется | вывод длины последовательности | |
-name | использутеся | вывод названия белка | |
-description | используется | вывод описания | |
-organism | используется | вывод названия организма-источника |
Команда infoseq
Показыавет базовую информацию о белковых последовательностях. Часть пакета биоинформатических программ EMBOSS
Пример использования "infoalign ~/term2/block1/pr5/2_para_2.fasta ~/term2/block1/pr5/2_para_2.fasta.infoal"
тут ~/term2/block1/pr5/2_para_2.fasta - фаил входных данных; ~/term2/block1/pr5/2_para_2.fasta.infoal - файл полученных данных
Настройка основного форматирования файла выходых данных идентична таковой в программе infoseq