Infoseq - это часть пакета EMBOSS, консольная программа используемая для поиска и отображения информации о последовательностях на основе информации из БД. С помощью нее также можно искать информацию о белках. Рассмотрим команды этой программы:

флаг команды	по умолчанию	описание	пример
-outfile	не используется	имя файла для вывода	infoseq -outfile ~/test/1.txt sw:CLPQ_BACSU
-html	не используется	вывод в вите HTML	infoseq -html -outfile ~/test/1.txt sw:CLPQ_BACSU
-columns	испльзуется	форматирование колонками(иначе-разделителем)
-delimeter	не использутеся	задание своего разделителя
-help		вывод справки	infoseq -help
no		префикс остальных флагов для отрицания	infoseq -noname
-only	не используется	вывести только указаное флагами после этого
-ac	используется	вывод кода доступа
-length	используется	вывод длины последовательности
-name	использутеся	вывод названия белка
-description	используется	вывод описания
-organism	используется	вывод названия организма-источника

Пример использования "infoseq -only -name -accession -description -length sw:CLPQ_BAC* -outfile ~/public_html/1.txt "

Команда infoseq
Показыавет базовую информацию о белковых последовательностях. Часть пакета биоинформатических программ EMBOSS
Пример использования "infoalign ~/term2/block1/pr5/2_para_2.fasta ~/term2/block1/pr5/2_para_2.fasta.infoal"
тут ~/term2/block1/pr5/2_para_2.fasta - фаил входных данных; ~/term2/block1/pr5/2_para_2.fasta.infoal - файл полученных данных
Настройка основного форматирования файла выходых данных идентична таковой в программе infoseq