В этом семестре мы проходим довольно много интересных и занимательных вещей, а именно: особенности операционной системы Linux, свойства языка разметки документов HTML и методы работы с интернетом, а так же их приложения к исследовательской деятельности, в частности: поиск и обработка информации о белке и бактерии.
Вот результат этой работы:Второй семестр только начинается, но уже есть некоторые результаты, узнать подробности о которых можно по следующим ссылкам:
- Bash скриптинг и всё о нем.
- Информация о программах пакета EMBOSS.
- Исследование белка CLPQ_BACSU, его ортологов и его оперона.
- SRS в применении к белку CLPQ_BACSU
- Поисковые системы: PubMed
- Парные выравнивания белков. Применение алгоритмов парных выравниваний к белку CLPQ_BACSU
- BLAST
- Множественное выравнивание
- Паттерны и банк PROSITE
- Эволюционные домены. Банки Pfam и InterPro.
- Поиск мотивов, программы MEME и MAST
- PSI-BLAST
Этот семестр посвящен нуклениновым кислотам
Вот результат работы в течение семестра:Этот семестр посвящен эволюции последовательностей
Вот результат работы в течение семестра:Блок 1: Филогенетические деревья
- Что такое филогенетическое дерево
- Реконтрукция филогенетических деревьев
- Алгоритмы реконструкции деревьев. Укоренение и бутстреп.
- Реконструкция деревьев по нуклеотидным последовательностям. Деревья, содержащие паралоги.
Блок 2: Функции белков
- Классификация ферметов (EC)
- Киотская энциклопедия генов и геномов (KEGG)
- Функциональная роль гена в подсистеме. GO, SEED
- Особенности мембранных белков
Блок 3: Домены и их эволюция
По этому семестру нету отчетности.
По этому семестру нету отчетности.
Этот семестр посвящен структурной биоинформатике
Вот результат работы в течение семестра:Блок 1: РСА
- Построение и визуализация электронной плотности (ЭП)
- Восстановление электронной плотности
- Восстановление кристалла из PDB файла
- Данные структурных факторов
- Отчeт по качеству РСА расшифровки структуры
- Сравнение водородных связей в структурах белка, расшифрованных с помощью ЯМР и РСА
Блок 2: Анализ трехмерных структур
|
|
|
|
|
|
|
