Опсание программ из пакета EMBOSS для этих алгоритмов
Программа Needle

Цель программы: парное глобальное выравнивание

Применяемый алгоритм:Нидлмана-Вунша

Особенности алгоритма: матрица динамического программирования заполнятеся так, что учитиываются штрафы за все гэпы и при этом штрафы афинные. Таким образом ищитется наилучшее взаиморасположение двух последоватлельностей целиком.

Стандарные параметры:
-gapopen штраф за открытие пропуска [по умолчанию равен 10]
-gapextend штраф за удлинение пропуска на одну позицию [по умолчанию равен 0.5]
-datafile используемая матрица [по умолчанию BLOSUM62 для белковых и EDNAFULL для нуклеотидных последовательностей]
-endopen штраф за открытие конечного пропуска [по умолчанию равен 10]
-endextend штраф за удлинение конечного пропуска на одну позицию [по умолчанию равен 0.5]

Программа Water

Цель программы: парное локальное выравнивание

Применяемый алгоритм:Смита-Ватермана

Особенности алгоритма: матрица динамического программирования заполнятеся так, что не учитываются штрафы за гэпы по краям, а те которые учитываются-афинные. Таким образом ищитется наилучшее взаиморасположение одной последоватлеьности (которая как бы свободно ездит в ходе работы алгоритма) относительно другой.

Стандарные параметры:
-gapopen штраф за открытие пропуска [по умолчанию равен 10]
-gapextend штраф за удлинение пропуска на одну позицию [по умолчанию равен 0.5]

Сравнение результатов работы алгоритмов и ручного выравнивания.

Значения needle не совпадают с ручным подсчетом и подсчетом по water, т. к. needle выравнивает глобально и сравнивает соответственно с кучей гэпов

Значения water и ручного сравнения в целом близки, т. к. и там и там локальное выравнивание, но не совпадают, т. к. ручное выравнивание было сделано не оптимально с точки зрения штрафов за гепы ( их вообще не было). (там где всё таки совпало (у 3-го мутанта) свпало созданное руками выравнивание и выравнивание по алгоритму)