1. Доменная структура белка CLPQ_BACSU по данным Pfam

Таблица 1. Доменная структура белка CLPQ_BACSU по данным Pfam

Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов	Положение в последовательности белка CLPQ_BACSU	Клан
1.	PF00227	Proteasome	Семейство доменов названо по виду белков: протеасом, которые выполняют функцию расщепления коротких пептидов и пренадлежат к классу гидролаз, т.е. расщепляют путем каталитической реакции гидролиза	3–180	Клан NTN (CL0052) содержит 14 семейств: AAT, Asparaginase_2, CBAH, DUF1933, DUF3700, G_glu_transpept, GATase_2, GATase_4, GATase_6, GATase_7, Penicil_amidase, Peptidase_C69, Phospholip_B, Proteasome

2. Данные о домене Proteasome

Таблица 2. Данные о домене Proteasome по данным Pfam

Во сколько разных архитектур входит домен?	Этот домен входит в 55 архитектур
Для какого числа белков, содержащих домен, известна последовательность?	Последоваетльность известна для 10806 белков, среди которых число содержащих только этот домен 7199.
Для какого числа разных белков, содержащих домен, определена пространственная структура (домена или всего белка)?	Пространственная структура определена для 60 уникальных белков.
Выравнивание "seed" фрагментов белков, соответствующих домену	Доступно для скачивания в формате MSF
Оценка достоверности	Как явно видно из визуализации построенного множественного выравнивания, белки содержащие этот домен явно обладают гомологией.

3. Описание встречаемости в различных таксонах доменной архитектуры вида , состоящей из доменов PF10584 (Proteasome_A_N) и PF00227 (Proteasome)

Таблица 3. Представленность домена PF10584 в организмах разных таксонов

Таксон		Количество белков с доменом PF10584.
Эукариоты	Зеленые растения	340
	Грибы	892
	Животные	1028
	Остальные эукариоты	443
Археи		187
Бактерии		0
Вирусы		0

Таблица 4. Представленность домена PF00227 в организмах разных таксонов

Таксон		Количество белков с доменом PF00227.
Эукариоты	Зеленые растения	764
	Грибы	1989
	Животные	2792
	Остальные эукариоты	1011
Археи		429
Бактерии		3590
Вирусы		0

Вывод:Не смотря на кажущуюся функциональную схожесть доменов, явно наблюдается некоторое различие в их распределении по таксонам.
Так, домен PF10584 никак не представлен среди бактерий, в отличие от домена PF00227 для которого, фактически, бактерии являются основной группой.
Кроме этого, наблюдаются некоторые сходные черты: распределение доменов по царствам эукариот весьма хорошо коррелируют между собой, кроме этого оба домена никак не представлены среди вирусов.

4. Сравнение описание мотивов в разных банках семейств, по данным InterPro.

Иллюстрация 1. Схема разметки всех мотивов на основании данных InterPro

Как называется самый короткий мотив? В каком банке он описан?	(Family IPR001353) , Proteasome, subunit alpha/beta Описан в банке Pfam
Как называется самый длинный мотив? В каком банке он описан?	(Family IPR022281) , ATP-dependent protease, HslV subunit Описан в базе HAMAP
Какие структурные подписи интегрированы в InterPro?	Никаких
Отличаются ли границы структурных доменов от границ доменов Pfam? Если да, то как?	не определить, не хватает данных