Поисковые системы: SRS

I. Обзор особенностей белка CLPQ_BACSU.
1. Особенность 2-го аминокислотного остатка:произвели искусственную мутацию, в результате чего белок полностью перестал выполнять свою функцию.

ID   CLPQ_BACSU_7;  parent: CLPQ_BACSU
FT   MUTAGEN       2      2       S->A,T: Complete loss of protease
FT                                activity.
SQ   Sequence     1 AA;
     S
//

2. Особенность 7-го аминокислотного остатка:произвели искусственную мутацию, в результате чего белок полностью перестал выполнять свою функцию, в случае связывания с Ala8 (мутант найден только в форме мономера).

ID   CLPQ_BACSU_9;  parent: CLPQ_BACSU
FT   MUTAGEN       7      7       T->A: Complete loss of protease activity.
FT                                The mutant is only found as a monomer;
FT                                when associated with A-8.
SQ   Sequence     1 AA;
     T
//

3. Особенность 165-го аминокислотного остатка:связан с ионом натрия.

ID   CLPQ_BACSU_4;  parent: CLPQ_BACSU
FT   METAL       165    165       Sodium; via carbonyl oxygen.
SQ   Sequence     1 AA;
     G
//

4. Особенность 29-31 аминокислотных остатков:производится поворот цепи.

ID   CLPQ_BACSU_17;  parent: CLPQ_BACSU
FT   TURN         29     31
SQ   Sequence     3 AA;
     GQA
//

II. Описание всех записей банка трехмерных структур PDB, относящихся к CLPQ_BACSU
PDB:1YYF
PDB:2Z3A
PDB:2Z3B

III.Таблица встеречаемости в SwissProt белков из Firmicutes , имеющих функцию, сходную с функцией белка CLPQ_BACSU из Bacillus subtilis

Формулировка функции белка	Строка запроса	Количество найденных документов
proteasome-like degradation complex (без ограничения на полноту)	([swissprot-Taxonomy:Firmicutes] & (((([swissprot-Comment:proteasome-like] & [swissprot-Comment:degradation]) & [swissprot-Comment:complex]) \| [swissprot-Comment:proteasome-like degradation complex*]) > parent ))	145
proteasome-like degradation complex (без ограничения на полноту, функция разбита на отдельные слова)	([swissprot-AllText:Firmicutes] & (([swissprot-AllText:proteasome-like] & [swissprot-AllText:degradation]) & [swissprot-AllText:complex]))	147
proteasome-like degradation complex	((([swissprot-Description:] ! [swissprot-Description:fragment]) & ((([swissprot-AllText:proteasome-like] & [swissprot-AllText:degradation]) & [swissprot-AllText:complex]) \| [swissprot-AllText:proteasome-like degradation complex])) & [swissprot-Taxonomy:Firmicutes*])	145
proteasome-like degradation complex (функция разбита на отдельные слова)	((([swissprot-Description:] ! [swissprot-Description:fragment]) & (([swissprot-AllText:proteasome-like] & [swissprot-AllText:degradation]) & [swissprot-AllText:complex])) & [swissprot-Taxonomy:Firmicutes])	145

IV Фаил с последовательностями 10 гомологов CLPQ_BACSU в FASTA формате

V Cписок последовательностей из задания 4, в котором указаны ID, AC последовательностей, организм, название белка и длина последовательности

VI
В бд SWISSPROT на "bacil" начинаются следующие таксоны:bacillaceae,bacillales,bacillariaceae,bacillariales,bacillariophyceae,bacillariophycidae,bacillariophyta,bacilli,bacillus
В банке Swissprot записей, описывающих белки из рода Bacillus:23105
В банке Swissprot записей, описывающих белки из отдела Firmicutes:68204

VII Записи, в которых Нейфах - автор первой публикации, представленны в таблице Excel , включающей описание белка; авторов, название и год публикации.

Hаучный интерес Нейфаха:поиск и изучение методов борьбы с устойчивостью бактерий к антибиотикам.