I. Обзор особенностей белка CLPQ_BACSU.
1. Особенность 2-го аминокислотного остатка:произвели искусственную мутацию, в результате чего белок полностью перестал выполнять свою функцию.
ID CLPQ_BACSU_7; parent: CLPQ_BACSU FT MUTAGEN 2 2 S->A,T: Complete loss of protease FT activity. SQ Sequence 1 AA; S //
2. Особенность 7-го аминокислотного остатка:произвели искусственную мутацию, в результате чего белок полностью перестал выполнять свою функцию, в случае связывания с Ala8 (мутант найден только в форме мономера).
ID CLPQ_BACSU_9; parent: CLPQ_BACSU FT MUTAGEN 7 7 T->A: Complete loss of protease activity. FT The mutant is only found as a monomer; FT when associated with A-8. SQ Sequence 1 AA; T //
3. Особенность 165-го аминокислотного остатка:связан с ионом натрия.
ID CLPQ_BACSU_4; parent: CLPQ_BACSU FT METAL 165 165 Sodium; via carbonyl oxygen. SQ Sequence 1 AA; G //
4. Особенность 29-31 аминокислотных остатков:производится поворот цепи.
ID CLPQ_BACSU_17; parent: CLPQ_BACSU FT TURN 29 31 SQ Sequence 3 AA; GQA //
II. Описание всех записей банка трехмерных структур PDB, относящихся к CLPQ_BACSU
PDB:1YYF
PDB:2Z3A
PDB:2Z3B
III.Таблица встеречаемости в SwissProt белков из Firmicutes , имеющих функцию, сходную с функцией белка CLPQ_BACSU из Bacillus subtilis
Формулировка функции белка | Строка запроса | Количество найденных документов |
---|---|---|
proteasome-like degradation complex (без ограничения на полноту) | ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & (((([swissprot-Comment:proteasome-like*] & [swissprot-Comment:degradation*]) & [swissprot-Comment:complex*]) | [swissprot-Comment:proteasome-like degradation complex*]) > parent )) | 145 |
proteasome-like degradation complex (без ограничения на полноту, функция разбита на отдельные слова) | ([swissprot-AllText:Firmicutes*] & (([swissprot-AllText:proteasome-like*] & [swissprot-AllText:degradation*]) & [swissprot-AllText:complex*])) | 147 |
proteasome-like degradation complex | ((([swissprot-Description:*] ! [swissprot-Description:fragment*]) & ((([swissprot-AllText:proteasome-like*] & [swissprot-AllText:degradation*]) & [swissprot-AllText:complex*]) | [swissprot-AllText:proteasome-like degradation complex*])) & [swissprot-Taxonomy:Firmicutes*]) | 145 |
proteasome-like degradation complex (функция разбита на отдельные слова) | ((([swissprot-Description:*] ! [swissprot-Description:fragment*]) & (([swissprot-AllText:proteasome-like*] & [swissprot-AllText:degradation*]) & [swissprot-AllText:complex*])) & [swissprot-Taxonomy:Firmicutes*]) | 145 |
IV Фаил с последовательностями 10 гомологов CLPQ_BACSU в FASTA формате
VI
В бд SWISSPROT на "bacil" начинаются следующие таксоны:bacillaceae,bacillales,bacillariaceae,bacillariales,bacillariophyceae,bacillariophycidae,bacillariophyta,bacilli,bacillus
В банке Swissprot записей, описывающих белки из рода Bacillus:23105
В банке Swissprot записей, описывающих белки из отдела Firmicutes:68204
VII Записи, в которых Нейфах - автор первой публикации, представленны в таблице Excel , включающей описание белка; авторов, название и год публикации.
Hаучный интерес Нейфаха:поиск и изучение методов борьбы с устойчивостью бактерий к антибиотикам.