Лого сайта
Поисковые системы: SRS

I. Обзор особенностей белка CLPQ_BACSU.
1. Особенность 2-го аминокислотного остатка:произвели искусственную мутацию, в результате чего белок полностью перестал выполнять свою функцию.

ID   CLPQ_BACSU_7;  parent: CLPQ_BACSU
FT   MUTAGEN       2      2       S->A,T: Complete loss of protease
FT                                activity.
SQ   Sequence     1 AA;
     S
//

2. Особенность 7-го аминокислотного остатка:произвели искусственную мутацию, в результате чего белок полностью перестал выполнять свою функцию, в случае связывания с Ala8 (мутант найден только в форме мономера).
ID   CLPQ_BACSU_9;  parent: CLPQ_BACSU
FT   MUTAGEN       7      7       T->A: Complete loss of protease activity.
FT                                The mutant is only found as a monomer;
FT                                when associated with A-8.
SQ   Sequence     1 AA;
     T
//

3. Особенность 165-го аминокислотного остатка:связан с ионом натрия.
ID   CLPQ_BACSU_4;  parent: CLPQ_BACSU
FT   METAL       165    165       Sodium; via carbonyl oxygen.
SQ   Sequence     1 AA;
     G
//

4. Особенность 29-31 аминокислотных остатков:производится поворот цепи.
ID   CLPQ_BACSU_17;  parent: CLPQ_BACSU
FT   TURN         29     31
SQ   Sequence     3 AA;
     GQA
//

II. Описание всех записей банка трехмерных структур PDB, относящихся к CLPQ_BACSU
PDB:1YYF
PDB:2Z3A
PDB:2Z3B

III.Таблица встеречаемости в SwissProt белков из Firmicutes , имеющих функцию, сходную с функцией белка CLPQ_BACSU из Bacillus subtilis


Формулировка функции белкаСтрока запросаКоличество найденных документов
proteasome-like degradation complex (без ограничения на полноту)([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & (((([swissprot-Comment:proteasome-like*] & [swissprot-Comment:degradation*]) & [swissprot-Comment:complex*]) | [swissprot-Comment:proteasome-like degradation complex*]) > parent ))145
proteasome-like degradation complex (без ограничения на полноту, функция разбита на отдельные слова)([swissprot-AllText:Firmicutes*] & (([swissprot-AllText:proteasome-like*] & [swissprot-AllText:degradation*]) & [swissprot-AllText:complex*]))147
proteasome-like degradation complex((([swissprot-Description:*] ! [swissprot-Description:fragment*]) & ((([swissprot-AllText:proteasome-like*] & [swissprot-AllText:degradation*]) & [swissprot-AllText:complex*]) | [swissprot-AllText:proteasome-like degradation complex*])) & [swissprot-Taxonomy:Firmicutes*]) 145
proteasome-like degradation complex (функция разбита на отдельные слова)((([swissprot-Description:*] ! [swissprot-Description:fragment*]) & (([swissprot-AllText:proteasome-like*] & [swissprot-AllText:degradation*]) & [swissprot-AllText:complex*])) & [swissprot-Taxonomy:Firmicutes*]) 145

IV Фаил с последовательностями 10 гомологов CLPQ_BACSU в FASTA формате

V Cписок последовательностей из задания 4, в котором указаны ID, AC последовательностей, организм, название белка и длина последовательности

VI
В бд SWISSPROT на "bacil" начинаются следующие таксоны:bacillaceae,bacillales,bacillariaceae,bacillariales,bacillariophyceae,bacillariophycidae,bacillariophyta,bacilli,bacillus
В банке Swissprot записей, описывающих белки из рода Bacillus:23105
В банке Swissprot записей, описывающих белки из отдела Firmicutes:68204

VII Записи, в которых Нейфах - автор первой публикации, представленны в таблице Excel , включающей описание белка; авторов, название и год публикации.


Hаучный интерес Нейфаха:поиск и изучение методов борьбы с устойчивостью бактерий к антибиотикам.