Лого сайта
Онлайн BLAST

Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности

Для поиска с помощью программы BLAST по алгоритму megablast со стандартными настройками по базе данных RefSeq была выбрана последовательность в 300 нуклеотид, представленная в Таблице 1 Результат поиска представлен в Таблице 2.

seq_for_search.fasta

Таблица 1. Полученная нуклеотидная последовательность для поиска.


ОрганизмRefSeq ACКоординатыКодирующий лиЧто кодирует
Methanosphaera stadtmanae DSM 3091NC_007681.11145..1444нет

Таблица 2. Результат поиска BLAST по алгоритму megablast последовательности из Таблицы 1 в базе данных RefSeq.

Поиск гомолога белка человека в слоне

Для выбора белка, чей гомолог мы будем искать проведем следующий ряд операций:

  1. Запущена программа для получения списка вех белков человека с идентификаторами в базе данных SwissProt, которые начинаются с буквы G

    infoseq sw:G*_human -only -name -desc -out list_of_human_proteins_starts_from_G.txt

    Результат выполнения представлен в файле list_of_human_proteins_starts_from_G.txt
  2. Запущена программа для получения идентификатора, который наибольше похож на мою фамилию.

    grep -e "GUS" list_of_human_proteins_starts_from_G.txt


    Результатом является белок GUSP1_HUMAN Putative inactive beta-glucuronidase-like protein SMA3
  3. Получена последовательность этого белка.

    seqret sw:GUSP1_HUMAN -auto -out GUSP1_HUMAN.fasta

    Сама последовательность:

    GUSP1_HUMAN.fasta

  4. Далее был проведен поиск данного белка в геноме Африканского Слона при помощи сервиса EMBL ENA. Результат представлен в Таблице 3.

    e-valueдлина выравниванияidentityкоординаты в геноме слонаколичество интронов
    2E-18835710841295<-10835824 1

    Таблица 3. Данные о лучшей находке среди гомологов белка GUSP1_HUMAN в геноме слона при помощи сервиса EMBL ENA.

    Поиск не кодирующих последовательностей программой BLAST

    Для работы выбрана бактерия Desulfatibacillum alkenivorans. В её полном геноме найдена последовательность Arg-tRNA:


    LOCUS CP001322_449; parent: CP001322
    tRNA 282700. .282775
    /locus_tag="Dalk_R0001"
    /product="tRNA-Arg"
    /note="IMG reference gene:2503005900"tRNA-Arg"
    1 GCGCCCGTAG CTCAGTGGAT AGAGCGCCAG TCTCCGGAAC TGGAAGTCGT AGGTTCGACT
    61 CCTACCGGGC GCGCCA //

    После этого был осуществлен запуск BLAST с различными алгоритмами поиска данной последовательности по базе RefSeq в геномах бактерий порядка Desulfobacterales (taxid:213118) с ограничением по e-value в 0.001. Результаты представлены в Таблице 4.

    Алгоритм найдено всего № п/п subject ids %identity alignment length mismatches gap opens q. start q. end s. start s. end evalue bit score record family genus
    megablast 1 1 gi|218777860|ref|NC_011768.1| 100.00 76 0 0 1 76 282700 282775 6e-34 141 Desulfatibacillum alkenivorans AK-01 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfatibacillum
    blastn (стандартный) 27 1 gi|218777860|ref|NC_011768.1| 100.00 76 0 0 1 76 282700 282775 5e-33 138 Desulfatibacillum alkenivorans AK-01 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfatibacillum
    2 gi|218777860|ref|NC_011768.1| 81.94 72 12 1 1 71 3648812 3648883 8e-12 68.0 Desulfatibacillum alkenivorans AK-01 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfatibacillum
    3 gi|218777860|ref|NC_011768.1| 77.78 72 15 1 1 71 2699308 2699379 5e-08 55.4 Desulfatibacillum alkenivorans AK-01 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfatibacillum
    4 gi|297567992|ref|NC_014216.1| 83.12 77 12 1 1 76 2972944 2973020 2e-14 77.0 Desulfurivibrio alkaliphilus AHT2 chromosome, complete genome Desulfobulbaceae Desulfurivibrio
    5 gi|297567992|ref|NC_014216.1| 81.82 77 13 1 1 76 2540896 2540972 2e-13 73.4 Desulfurivibrio alkaliphilus AHT2 chromosome, complete genome Desulfobulbaceae Desulfurivibrio
    6 gi|297567992|ref|NC_014216.1| 82.46 57 9 1 7 62 428594 428650 5e-08 55.4 Desulfurivibrio alkaliphilus AHT2 chromosome, complete genome Desulfobulbaceae Desulfurivibrio
    7 gi|297567992|ref|NC_014216.1| 75.00 76 19 0 1 76 279684 279609 6e-07 51.8 Desulfurivibrio alkaliphilus AHT2 chromosome, complete genome Desulfobulbaceae Desulfurivibrio
    8 gi|297567992|ref|NC_014216.1| 90.32 31 3 0 46 76 2559212 2559242 3e-04 42.8 Desulfurivibrio alkaliphilus AHT2 chromosome, complete genome Desulfobulbaceae Desulfurivibrio
    9 gi|158520017|ref|NC_009943.1| 81.58 76 14 0 1 76 532169 532094 5e-14 75.2 Desulfococcus oleovorans Hxd3 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfococcus
    10 gi|158520017|ref|NC_009943.1| 80.52 77 14 1 1 76 1652988 1652912 8e-12 68.0 Desulfococcus oleovorans Hxd3 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfococcus
    11 gi|158520017|ref|NC_009943.1| 80.52 77 14 1 1 76 3780771 3780695 8e-12 68.0 Desulfococcus oleovorans Hxd3 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfococcus
    12 gi|408417460|ref|NC_018645.1| 80.52 77 14 1 1 76 3565181 3565105 8e-12 68.0 Desulfobacula toluolica Tol2, complete genome Desulfobacteraceae Desulfobacula
    13 gi|408417460|ref|NC_018645.1| 77.92 77 16 1 1 76 3770213 3770137 4e-09 59.0 Desulfobacula toluolica Tol2, complete genome Desulfobacteraceae Desulfobacula
    14 gi|408417460|ref|NC_018645.1| 73.68 76 19 1 1 76 4085605 4085679 9e-05 44.6 Desulfobacula toluolica Tol2, complete genome Desulfobacteraceae Desulfobacula
    15 gi|224367124|ref|NC_012108.1| 80.52 77 14 1 1 76 3727655 3727579 8e-12 68.0 Desulfobacterium autotrophicum HRM2 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfobacterium
    16 gi|224367124|ref|NC_012108.1| 79.22 77 15 1 1 76 2743749 2743825 1e-10 64.4 Desulfobacterium autotrophicum HRM2 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfobacterium
    17 gi|451945650|ref|NC_020304.1| 81.43 70 12 1 1 69 2669081 2669012 1e-10 64.4 Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome Desulfobulbaceae Desulfocapsa
    18 gi|451945650|ref|NC_020304.1| 78.12 64 12 1 6 67 935394 935331 2e-06 50.0 Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome Desulfobulbaceae Desulfocapsa
    19 gi|389578211|ref|NZ_CM001488.1| 77.46 71 16 0 1 71 3219396 3219326 1e-08 57.2 Desulfobacter postgatei 2ac9 chromosome, whole genome shotgun sequence Desulfobacteraceae Desulfobacter
    20 gi|389578211|ref|NZ_CM001488.1| 75.32 77 18 1 1 76 2381132 2381208 2e-06 50.0 Desulfobacter postgatei 2ac9 chromosome, whole genome shotgun sequence Desulfobacteraceae Desulfobacter
    21 gi|389578211|ref|NZ_CM001488.1| 74.03 77 19 1 1 76 2940867 2940943 3e-05 46.4 Desulfobacter postgatei 2ac9 chromosome, whole genome shotgun sequence Desulfobacteraceae Desulfobacter
    22 gi|320352146|ref|NC_014972.1| 76.62 77 17 1 1 76 500182 500106 5e-08 55.4 Desulfobulbus propionicus DSM 2032 chromosome, complete genome Desulfobulbaceae Desulfobulbus
    23 gi|320352146|ref|NC_014972.1| 76.62 77 17 1 1 76 3709987 3709911 5e-08 55.4 Desulfobulbus propionicus DSM 2032 chromosome, complete genome Desulfobulbaceae Desulfobulbus
    24 gi|483988148|ref|NZ_KB892968.1| 75.32 77 18 1 1 76 721 645 2e-06 50.0 Desulfobacter curvatus DSM 3379 B147DRAFT_scaffold_16.17, whole genome shotgun sequence Desulfobacteraceae Desulfobacter
    25 gi|51243852|ref|NC_006138.1| 78.12 64 12 1 6 67 721306 721243 2e-06 50.0 Desulfotalea psychrophila LSv54, complete genome Desulfobulbaceae Desulfotalea
    26 gi|51243852|ref|NC_006138.1| 75.32 77 18 1 1 76 1046821 1046897 2e-06 50.0 Desulfotalea psychrophila LSv54, complete genome Desulfobulbaceae Desulfotalea
    27 gi|483989623|ref|NZ_KB893101.1| 73.68 76 19 1 1 76 99588 99662 9e-05 44.6 Desulfobacter curvatus DSM 3379 B147DRAFT_scaffold_7.8, whole genome shotgun sequence Desulfobacteraceae Desulfobacter
    blastn (с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1) 59 1 gi|218777860|ref|NC_011768.1| 100.00 76 0 0 1 76 282700 282775 3e-28 122 Desulfatibacillum alkenivorans AK-01 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfatibacillum
    2 gi|218777860|ref|NC_011768.1| 80.52 77 14 1 1 76 3648812 3648888 2e-11 66.6 Desulfatibacillum alkenivorans AK-01 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfatibacillum
    3 gi|218777860|ref|NC_011768.1| 76.62 77 17 1 1 76 2699308 2699384 1e-08 57.1 Desulfatibacillum alkenivorans AK-01 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfatibacillum
    4 gi|218777860|ref|NC_011768.1| 71.05 76 22 0 1 76 378374 378299 3e-07 52.3 Desulfatibacillum alkenivorans AK-01 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfatibacillum
    5 gi|218777860|ref|NC_011768.1| 72.73 55 15 0 7 61 2509057 2509003 8e-04 41.2 Desulfatibacillum alkenivorans AK-01 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfatibacillum
    6 gi|158520017|ref|NC_009943.1| 81.58 76 14 0 1 76 532169 532094 8e-15 77.7 Desulfococcus oleovorans Hxd3 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfococcus
    7 gi|158520017|ref|NC_009943.1| 80.52 77 14 1 1 76 1652988 1652912 2e-11 66.6 Desulfococcus oleovorans Hxd3 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfococcus
    8 gi|158520017|ref|NC_009943.1| 80.52 77 14 1 1 76 3780771 3780695 2e-11 66.6 Desulfococcus oleovorans Hxd3 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfococcus
    9 gi|158520017|ref|NC_009943.1| 69.74 76 23 0 1 76 763476 763401 3e-06 49.1 Desulfococcus oleovorans Hxd3 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfococcus
    10 gi|158520017|ref|NC_009943.1| 71.43 77 21 1 1 76 3000737 3000661 8e-05 44.4 Desulfococcus oleovorans Hxd3 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfococcus
    11 gi|158520017|ref|NC_009943.1| 75.00 52 13 0 7 58 824261 824312 3e-04 42.8 Desulfococcus oleovorans Hxd3 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfococcus
    12 gi|297567992|ref|NC_014216.1| 83.12 77 12 1 1 76 2972944 2973020 2e-13 72.9 Desulfurivibrio alkaliphilus AHT2 chromosome, complete genome Desulfobulbaceae Desulfurivibrio
    13 gi|297567992|ref|NC_014216.1| 81.82 77 13 1 1 76 2540896 2540972 2e-12 69.7 Desulfurivibrio alkaliphilus AHT2 chromosome, complete genome Desulfobulbaceae Desulfurivibrio
    14 gi|297567992|ref|NC_014216.1| 80.52 77 14 1 1 76 3026873 3026797 2e-11 66.6 Desulfurivibrio alkaliphilus AHT2 chromosome, complete genome Desulfobulbaceae Desulfurivibrio
    15 gi|297567992|ref|NC_014216.1| 75.00 76 19 0 1 76 279684 279609 5e-10 61.8 Desulfurivibrio alkaliphilus AHT2 chromosome, complete genome Desulfobulbaceae Desulfurivibrio
    16 gi|297567992|ref|NC_014216.1| 77.46 71 15 1 7 76 428594 428664 1e-07 53.9 Desulfurivibrio alkaliphilus AHT2 chromosome, complete genome Desulfobulbaceae Desulfurivibrio
    17 gi|297567992|ref|NC_014216.1| 77.55 49 11 0 28 76 2559194 2559242 8e-05 44.4 Desulfurivibrio alkaliphilus AHT2 chromosome, complete genome Desulfobulbaceae Desulfurivibrio
    18 gi|224367124|ref|NC_012108.1| 77.63 76 17 0 1 76 1954701 1954626 6e-12 68.2 Desulfobacterium autotrophicum HRM2 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfobacterium
    19 gi|224367124|ref|NC_012108.1| 80.52 77 14 1 1 76 3727655 3727579 2e-11 66.6 Desulfobacterium autotrophicum HRM2 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfobacterium
    20 gi|224367124|ref|NC_012108.1| 79.22 77 15 1 1 76 2743749 2743825 2e-10 63.4 Desulfobacterium autotrophicum HRM2 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfobacterium
    21 gi|224367124|ref|NC_012108.1| 74.03 77 19 1 1 76 1999697 1999621 1e-06 50.7 Desulfobacterium autotrophicum HRM2 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfobacterium
    22 gi|224367124|ref|NC_012108.1| 76.92 52 12 0 7 58 3727745 3727694 3e-05 46.0 Desulfobacterium autotrophicum HRM2 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfobacterium
    23 gi|224367124|ref|NC_012108.1| 70.67 75 21 1 3 76 3972027 3971953 8e-04 41.2 Desulfobacterium autotrophicum HRM2 chromosome, complete genome Desulfobacteraceae Desulfobacterium
    24 gi|408417460|ref|NC_018645.1| 80.52 77 14 1 1 76 3565181 3565105 2e-11 66.6 Desulfobacula toluolica Tol2, complete genome Desulfobacteraceae Desulfobacula
    25 gi|408417460|ref|NC_018645.1| 76.32 76 18 0 1 76 2107215 2107140 5e-11 65.0 Desulfobacula toluolica Tol2, complete genome Desulfobacteraceae Desulfobacula
    26 gi|408417460|ref|NC_018645.1| 77.92 77 16 1 1 76 3770213 3770137 1e-09 60.2 Desulfobacula toluolica Tol2, complete genome Desulfobacteraceae Desulfobacula
    27 gi|408417460|ref|NC_018645.1| 75.32 77 18 1 1 76 2159789 2159865 1e-07 53.9 Desulfobacula toluolica Tol2, complete genome Desulfobacteraceae Desulfobacula
    28 gi|408417460|ref|NC_018645.1| 73.68 76 19 1 1 76 4085605 4085679 3e-06 49.1 Desulfobacula toluolica Tol2, complete genome Desulfobacteraceae Desulfobacula
    29 gi|408417460|ref|NC_018645.1| 73.68 57 15 0 20 76 4081483 4081427 8e-05 44.4 Desulfobacula toluolica Tol2, complete genome Desulfobacteraceae Desulfobacula
    30 gi|408417460|ref|NC_018645.1| 72.73 55 15 0 7 61 4083126 4083072 8e-04 41.2 Desulfobacula toluolica Tol2, complete genome Desulfobacteraceae Desulfobacula
    31 gi|483988871|ref|NZ_KB893035.1| 76.32 76 18 0 1 76 20930 21005 5e-11 65.0 Desulfobacter curvatus DSM 3379 B147DRAFT_scaffold_22.23, whole genome shotgun sequence Desulfobacteraceae Desulfobacter
    32 gi|389578211|ref|NZ_CM001488.1| 76.32 76 18 0 1 76 3219396 3219321 5e-11 65.0 Desulfobacter postgatei 2ac9 chromosome, whole genome shotgun sequence Desulfobacteraceae Desulfobacter
    33 gi|389578211|ref|NZ_CM001488.1| 75.32 77 18 1 1 76 2381132 2381208 1e-07 53.9 Desulfobacter postgatei 2ac9 chromosome, whole genome shotgun sequence Desulfobacteraceae Desulfobacter
    34 gi|389578211|ref|NZ_CM001488.1| 74.03 77 19 1 1 76 2940867 2940943 1e-06 50.7 Desulfobacter postgatei 2ac9 chromosome, whole genome shotgun sequence Desulfobacteraceae Desulfobacter
    35 gi|389578211|ref|NZ_CM001488.1| 72.37 76 20 1 1 76 2637563 2637489 3e-05 46.0 Desulfobacter postgatei 2ac9 chromosome, whole genome shotgun sequence Desulfobacteraceae Desulfobacter
    36 gi|451945650|ref|NC_020304.1| 79.22 77 15 1 1 76 2669081 2669005 2e-10 63.4 Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome Desulfobulbaceae Desulfocapsa
    37 gi|451945650|ref|NC_020304.1| 76.06 71 16 1 7 76 3835692 3835622 1e-06 50.7 Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome Desulfobulbaceae Desulfocapsa
    38 gi|451945650|ref|NC_020304.1| 78.85 52 11 0 16 67 935382 935331 3e-06 49.1 Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome Desulfobulbaceae Desulfocapsa
    39 gi|451945650|ref|NC_020304.1| 70.27 74 22 0 3 76 1404585 1404658 3e-06 49.1 Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome Desulfobulbaceae Desulfocapsa
    40 gi|451945650|ref|NC_020304.1| 72.97 74 19 1 4 76 2355577 2355504 3e-05 46.0 Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome Desulfobulbaceae Desulfocapsa
    41 gi|451945650|ref|NC_020304.1| 77.05 61 13 1 7 66 269224 269164 8e-05 44.4 Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome Desulfobulbaceae Desulfocapsa
    42 gi|451945650|ref|NC_020304.1| 71.43 77 21 1 1 76 2046242 2046318 8e-05 44.4 Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome Desulfobulbaceae Desulfocapsa
    43 gi|451945650|ref|NC_020304.1| 72.00 75 20 1 3 76 2136951 2136877 8e-05 44.4 Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome Desulfobulbaceae Desulfocapsa
    44 gi|451945650|ref|NC_020304.1| 72.00 75 20 1 3 76 3693189 3693263 8e-05 44.4 Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome Desulfobulbaceae Desulfocapsa
    45 gi|451945650|ref|NC_020304.1| 72.00 75 20 1 3 76 3985606 3985680 8e-05 44.4 Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome Desulfobulbaceae Desulfocapsa
    46 gi|451945650|ref|NC_020304.1| 70.67 75 21 1 3 76 2297952 2298026 8e-04 41.2 Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome Desulfobulbaceae Desulfocapsa
    47 gi|320352146|ref|NC_014972.1| 76.62 77 17 1 1 76 500182 500106 1e-08 57.1 Desulfobulbus propionicus DSM 2032 chromosome, complete genome Desulfobulbaceae Desulfobulbus
    48 gi|320352146|ref|NC_014972.1| 76.62 77 17 1 1 76 3709987 3709911 1e-08 57.1 Desulfobulbus propionicus DSM 2032 chromosome, complete genome Desulfobulbaceae Desulfobulbus
    49 gi|320352146|ref|NC_014972.1| 72.73 77 20 1 1 76 98474 98550 9e-06 47.5 Desulfobulbus propionicus DSM 2032 chromosome, complete genome Desulfobulbaceae Desulfobulbus
    50 gi|320352146|ref|NC_014972.1| 72.73 77 20 1 1 76 508573 508649 9e-06 47.5 Desulfobulbus propionicus DSM 2032 chromosome, complete genome Desulfobulbaceae Desulfobulbus
    51 gi|320352146|ref|NC_014972.1| 67.57 74 24 0 3 76 864278 864351 3e-04 42.8 Desulfobulbus propionicus DSM 2032 chromosome, complete genome Desulfobulbaceae Desulfobulbus
    52 gi|483988148|ref|NZ_KB892968.1| 75.32 77 18 1 1 76 721 645 1e-07 53.9 Desulfobacter curvatus DSM 3379 B147DRAFT_scaffold_16.17, whole genome shotgun sequence Desulfobacteraceae Desulfobacter
    53 gi|51243852|ref|NC_006138.1| 75.32 77 18 1 1 76 1046821 1046897 1e-07 53.9 Desulfotalea psychrophila LSv54, complete genome Desulfobulbaceae Desulfotalea
    54 gi|51243852|ref|NC_006138.1| 75.32 77 18 1 1 76 1172018 1171942 1e-07 53.9 Desulfotalea psychrophila LSv54, complete genome Desulfobulbaceae Desulfotalea
    55 gi|51243852|ref|NC_006138.1| 74.03 77 19 1 1 76 3396342 3396266 1e-06 50.7 Desulfotalea psychrophila LSv54, complete genome Desulfobulbaceae Desulfotalea
    56 gi|51243852|ref|NC_006138.1| 74.03 77 19 1 1 76 3403959 3403883 1e-06 50.7 Desulfotalea psychrophila LSv54, complete genome Desulfobulbaceae Desulfotalea
    57 gi|51243852|ref|NC_006138.1| 78.85 52 11 0 16 67 721294 721243 3e-06 49.1 Desulfotalea psychrophila LSv54, complete genome Desulfobulbaceae Desulfotalea
    58 gi|51243852|ref|NC_006138.1| 70.67 75 21 1 3 76 694795 694721 8e-04 41.2 Desulfotalea psychrophila LSv54, complete genome Desulfobulbaceae Desulfotalea
    59 gi|483989623|ref|NZ_KB893101.1| 73.68 76 19 1 1 76 99588 99662 3e-06 49.1 Desulfobacter curvatus DSM 3379 B147DRAFT_scaffold_7.8, whole genome shotgun sequence Desulfobacteraceae Desulfobacter

    Таблица 4. Данные о результатах запуска BLAST с различными алгоритмами для поиска гомологов tRNA Desulfatibacillum alkenivorans по базе данных RefSeq. В таблице представлены все найденные с ограничением e-value 0.001 хиты и их свойства.

    Ввиду объемности полученных результатов, выводы из Таблицы 4 представлены в Таблице 5.
    Алгоритм к-во находок гомологов(некоторые находки паралогичны друг другу)
    megablast 0 (найдена исходная последовательность)
    blastn (стандартный) 24
    blastn (с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1) 54

    Таблица 5. Результаты Таблицы 4.

    Как видно из Таблицы 5 при переходе от megablast к blastn (а от него к blastn ( с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1 ) становится возможным найти более далекие (c меньшим identity) гомологичные последовательности (но с большей затратой вычислительных ресурсов)

    Сравнение программ BLASTN и MegaBLAST

    Алгоритм к-во семейств семейство к-во родов в семействе род
    megablast 1 Desulfobacteraceae 1 Desulfatibacillum
    blastn (стандартный) 2 Desulfobacteraceae 4 Desulfobacter
    Desulfobacterium
    Desulfobacula
    Desulfococcus
    Desulfobulbaceae 4 Desulfobulbus
    Desulfocapsa
    Desulfotalea
    Desulfurivibrio
    blastn(с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1) 2 Desulfobacteraceae 5 Desulfatibacillum
    Desulfobacter
    Desulfobacterium
    Desulfobacula
    Desulfococcus
    Desulfobulbaceae 4 Desulfobulbus
    Desulfocapsa
    Desulfotalea
    Desulfurivibrio

    Таблица 6. Сравнение результатов поиска.

    Как видно из Таблицы 6 и из оценки длины выравниваний в Таблице 4, при переходе от более строгого алгоритма megablast к blastn повышается филогенетическое разнообразие среди найденных последовательностей (т.к. алгоритму поиска удается их "зацепить"), и при этом возрастает длина выравнивания, т.к при ослаблении строгости более гибко обрабатываются края выравнивания.