Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности
Для поиска с помощью программы BLAST по алгоритму megablast со стандартными настройками по базе данных RefSeq была выбрана последовательность в 300 нуклеотид, представленная в Таблице 1 Результат поиска представлен в Таблице 2.
seq_for_search.fasta
Таблица 1. Полученная нуклеотидная последовательность для поиска.
| Организм | RefSeq AC | Координаты | Кодирующий ли | Что кодирует |
| Methanosphaera stadtmanae DSM 3091 | NC_007681.1 | 1145..1444 | нет |
Таблица 2. Результат поиска BLAST по алгоритму megablast последовательности из Таблицы 1 в базе данных RefSeq.
Поиск гомолога белка человека в слоне
Для выбора белка, чей гомолог мы будем искать проведем следующий ряд операций:
- Запущена программа для получения списка вех белков человека с идентификаторами в базе данных SwissProt, которые начинаются с буквы G
infoseq sw:G*_human -only -name -desc -out list_of_human_proteins_starts_from_G.txt
Результат выполнения представлен в файле list_of_human_proteins_starts_from_G.txt - Запущена программа для получения идентификатора, который наибольше похож на мою фамилию.
grep -e "GUS" list_of_human_proteins_starts_from_G.txt
Результатом является белок GUSP1_HUMAN Putative inactive beta-glucuronidase-like protein SMA3 - Получена последовательность этого белка.
seqret sw:GUSP1_HUMAN -auto -out GUSP1_HUMAN.fasta
Сама последовательность:GUSP1_HUMAN.fasta
Далее был проведен поиск данного белка в геноме Африканского Слона при помощи сервиса EMBL ENA. Результат представлен в Таблице 3.
| e-value | длина выравнивания | identity | координаты в геноме слона | количество интронов |
| 2E-18 | 83 | 57 | 10841295<-10835824 | 1 |
Таблица 3. Данные о лучшей находке среди гомологов белка GUSP1_HUMAN в геноме слона при помощи сервиса EMBL ENA.
Поиск не кодирующих последовательностей программой BLAST
Для работы выбрана бактерия Desulfatibacillum alkenivorans. В её полном геноме найдена последовательность Arg-tRNA:
LOCUS CP001322_449; parent: CP001322
tRNA 282700. .282775
/locus_tag="Dalk_R0001"
/product="tRNA-Arg"
/note="IMG reference gene:2503005900"tRNA-Arg"
1 GCGCCCGTAG CTCAGTGGAT AGAGCGCCAG TCTCCGGAAC TGGAAGTCGT AGGTTCGACT
61 CCTACCGGGC GCGCCA
//
После этого был осуществлен запуск BLAST с различными алгоритмами поиска данной последовательности по базе RefSeq в геномах бактерий порядка Desulfobacterales (taxid:213118) с ограничением по e-value в 0.001. Результаты представлены в Таблице 4.
| Алгоритм | найдено всего | № п/п | subject ids | %identity | alignment length | mismatches | gap opens | q. start | q. end | s. start | s. end | evalue | bit score | record | family | genus |
| megablast | 1 | 1 | gi|218777860|ref|NC_011768.1| | 100.00 | 76 | 0 | 0 | 1 | 76 | 282700 | 282775 | 6e-34 | 141 | Desulfatibacillum alkenivorans AK-01 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfatibacillum |
| blastn (стандартный) | 27 | 1 | gi|218777860|ref|NC_011768.1| | 100.00 | 76 | 0 | 0 | 1 | 76 | 282700 | 282775 | 5e-33 | 138 | Desulfatibacillum alkenivorans AK-01 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfatibacillum |
| 2 | gi|218777860|ref|NC_011768.1| | 81.94 | 72 | 12 | 1 | 1 | 71 | 3648812 | 3648883 | 8e-12 | 68.0 | Desulfatibacillum alkenivorans AK-01 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfatibacillum | ||
| 3 | gi|218777860|ref|NC_011768.1| | 77.78 | 72 | 15 | 1 | 1 | 71 | 2699308 | 2699379 | 5e-08 | 55.4 | Desulfatibacillum alkenivorans AK-01 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfatibacillum | ||
| 4 | gi|297567992|ref|NC_014216.1| | 83.12 | 77 | 12 | 1 | 1 | 76 | 2972944 | 2973020 | 2e-14 | 77.0 | Desulfurivibrio alkaliphilus AHT2 chromosome, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfurivibrio | ||
| 5 | gi|297567992|ref|NC_014216.1| | 81.82 | 77 | 13 | 1 | 1 | 76 | 2540896 | 2540972 | 2e-13 | 73.4 | Desulfurivibrio alkaliphilus AHT2 chromosome, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfurivibrio | ||
| 6 | gi|297567992|ref|NC_014216.1| | 82.46 | 57 | 9 | 1 | 7 | 62 | 428594 | 428650 | 5e-08 | 55.4 | Desulfurivibrio alkaliphilus AHT2 chromosome, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfurivibrio | ||
| 7 | gi|297567992|ref|NC_014216.1| | 75.00 | 76 | 19 | 0 | 1 | 76 | 279684 | 279609 | 6e-07 | 51.8 | Desulfurivibrio alkaliphilus AHT2 chromosome, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfurivibrio | ||
| 8 | gi|297567992|ref|NC_014216.1| | 90.32 | 31 | 3 | 0 | 46 | 76 | 2559212 | 2559242 | 3e-04 | 42.8 | Desulfurivibrio alkaliphilus AHT2 chromosome, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfurivibrio | ||
| 9 | gi|158520017|ref|NC_009943.1| | 81.58 | 76 | 14 | 0 | 1 | 76 | 532169 | 532094 | 5e-14 | 75.2 | Desulfococcus oleovorans Hxd3 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfococcus | ||
| 10 | gi|158520017|ref|NC_009943.1| | 80.52 | 77 | 14 | 1 | 1 | 76 | 1652988 | 1652912 | 8e-12 | 68.0 | Desulfococcus oleovorans Hxd3 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfococcus | ||
| 11 | gi|158520017|ref|NC_009943.1| | 80.52 | 77 | 14 | 1 | 1 | 76 | 3780771 | 3780695 | 8e-12 | 68.0 | Desulfococcus oleovorans Hxd3 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfococcus | ||
| 12 | gi|408417460|ref|NC_018645.1| | 80.52 | 77 | 14 | 1 | 1 | 76 | 3565181 | 3565105 | 8e-12 | 68.0 | Desulfobacula toluolica Tol2, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfobacula | ||
| 13 | gi|408417460|ref|NC_018645.1| | 77.92 | 77 | 16 | 1 | 1 | 76 | 3770213 | 3770137 | 4e-09 | 59.0 | Desulfobacula toluolica Tol2, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfobacula | ||
| 14 | gi|408417460|ref|NC_018645.1| | 73.68 | 76 | 19 | 1 | 1 | 76 | 4085605 | 4085679 | 9e-05 | 44.6 | Desulfobacula toluolica Tol2, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfobacula | ||
| 15 | gi|224367124|ref|NC_012108.1| | 80.52 | 77 | 14 | 1 | 1 | 76 | 3727655 | 3727579 | 8e-12 | 68.0 | Desulfobacterium autotrophicum HRM2 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfobacterium | ||
| 16 | gi|224367124|ref|NC_012108.1| | 79.22 | 77 | 15 | 1 | 1 | 76 | 2743749 | 2743825 | 1e-10 | 64.4 | Desulfobacterium autotrophicum HRM2 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfobacterium | ||
| 17 | gi|451945650|ref|NC_020304.1| | 81.43 | 70 | 12 | 1 | 1 | 69 | 2669081 | 2669012 | 1e-10 | 64.4 | Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfocapsa | ||
| 18 | gi|451945650|ref|NC_020304.1| | 78.12 | 64 | 12 | 1 | 6 | 67 | 935394 | 935331 | 2e-06 | 50.0 | Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfocapsa | ||
| 19 | gi|389578211|ref|NZ_CM001488.1| | 77.46 | 71 | 16 | 0 | 1 | 71 | 3219396 | 3219326 | 1e-08 | 57.2 | Desulfobacter postgatei 2ac9 chromosome, whole genome shotgun sequence | Desulfobacteraceae | Desulfobacter | ||
| 20 | gi|389578211|ref|NZ_CM001488.1| | 75.32 | 77 | 18 | 1 | 1 | 76 | 2381132 | 2381208 | 2e-06 | 50.0 | Desulfobacter postgatei 2ac9 chromosome, whole genome shotgun sequence | Desulfobacteraceae | Desulfobacter | ||
| 21 | gi|389578211|ref|NZ_CM001488.1| | 74.03 | 77 | 19 | 1 | 1 | 76 | 2940867 | 2940943 | 3e-05 | 46.4 | Desulfobacter postgatei 2ac9 chromosome, whole genome shotgun sequence | Desulfobacteraceae | Desulfobacter | ||
| 22 | gi|320352146|ref|NC_014972.1| | 76.62 | 77 | 17 | 1 | 1 | 76 | 500182 | 500106 | 5e-08 | 55.4 | Desulfobulbus propionicus DSM 2032 chromosome, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfobulbus | ||
| 23 | gi|320352146|ref|NC_014972.1| | 76.62 | 77 | 17 | 1 | 1 | 76 | 3709987 | 3709911 | 5e-08 | 55.4 | Desulfobulbus propionicus DSM 2032 chromosome, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfobulbus | ||
| 24 | gi|483988148|ref|NZ_KB892968.1| | 75.32 | 77 | 18 | 1 | 1 | 76 | 721 | 645 | 2e-06 | 50.0 | Desulfobacter curvatus DSM 3379 B147DRAFT_scaffold_16.17, whole genome shotgun sequence | Desulfobacteraceae | Desulfobacter | ||
| 25 | gi|51243852|ref|NC_006138.1| | 78.12 | 64 | 12 | 1 | 6 | 67 | 721306 | 721243 | 2e-06 | 50.0 | Desulfotalea psychrophila LSv54, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfotalea | ||
| 26 | gi|51243852|ref|NC_006138.1| | 75.32 | 77 | 18 | 1 | 1 | 76 | 1046821 | 1046897 | 2e-06 | 50.0 | Desulfotalea psychrophila LSv54, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfotalea | ||
| 27 | gi|483989623|ref|NZ_KB893101.1| | 73.68 | 76 | 19 | 1 | 1 | 76 | 99588 | 99662 | 9e-05 | 44.6 | Desulfobacter curvatus DSM 3379 B147DRAFT_scaffold_7.8, whole genome shotgun sequence | Desulfobacteraceae | Desulfobacter | ||
| blastn (с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1) | 59 | 1 | gi|218777860|ref|NC_011768.1| | 100.00 | 76 | 0 | 0 | 1 | 76 | 282700 | 282775 | 3e-28 | 122 | Desulfatibacillum alkenivorans AK-01 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfatibacillum |
| 2 | gi|218777860|ref|NC_011768.1| | 80.52 | 77 | 14 | 1 | 1 | 76 | 3648812 | 3648888 | 2e-11 | 66.6 | Desulfatibacillum alkenivorans AK-01 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfatibacillum | ||
| 3 | gi|218777860|ref|NC_011768.1| | 76.62 | 77 | 17 | 1 | 1 | 76 | 2699308 | 2699384 | 1e-08 | 57.1 | Desulfatibacillum alkenivorans AK-01 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfatibacillum | ||
| 4 | gi|218777860|ref|NC_011768.1| | 71.05 | 76 | 22 | 0 | 1 | 76 | 378374 | 378299 | 3e-07 | 52.3 | Desulfatibacillum alkenivorans AK-01 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfatibacillum | ||
| 5 | gi|218777860|ref|NC_011768.1| | 72.73 | 55 | 15 | 0 | 7 | 61 | 2509057 | 2509003 | 8e-04 | 41.2 | Desulfatibacillum alkenivorans AK-01 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfatibacillum | ||
| 6 | gi|158520017|ref|NC_009943.1| | 81.58 | 76 | 14 | 0 | 1 | 76 | 532169 | 532094 | 8e-15 | 77.7 | Desulfococcus oleovorans Hxd3 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfococcus | ||
| 7 | gi|158520017|ref|NC_009943.1| | 80.52 | 77 | 14 | 1 | 1 | 76 | 1652988 | 1652912 | 2e-11 | 66.6 | Desulfococcus oleovorans Hxd3 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfococcus | ||
| 8 | gi|158520017|ref|NC_009943.1| | 80.52 | 77 | 14 | 1 | 1 | 76 | 3780771 | 3780695 | 2e-11 | 66.6 | Desulfococcus oleovorans Hxd3 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfococcus | ||
| 9 | gi|158520017|ref|NC_009943.1| | 69.74 | 76 | 23 | 0 | 1 | 76 | 763476 | 763401 | 3e-06 | 49.1 | Desulfococcus oleovorans Hxd3 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfococcus | ||
| 10 | gi|158520017|ref|NC_009943.1| | 71.43 | 77 | 21 | 1 | 1 | 76 | 3000737 | 3000661 | 8e-05 | 44.4 | Desulfococcus oleovorans Hxd3 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfococcus | ||
| 11 | gi|158520017|ref|NC_009943.1| | 75.00 | 52 | 13 | 0 | 7 | 58 | 824261 | 824312 | 3e-04 | 42.8 | Desulfococcus oleovorans Hxd3 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfococcus | ||
| 12 | gi|297567992|ref|NC_014216.1| | 83.12 | 77 | 12 | 1 | 1 | 76 | 2972944 | 2973020 | 2e-13 | 72.9 | Desulfurivibrio alkaliphilus AHT2 chromosome, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfurivibrio | ||
| 13 | gi|297567992|ref|NC_014216.1| | 81.82 | 77 | 13 | 1 | 1 | 76 | 2540896 | 2540972 | 2e-12 | 69.7 | Desulfurivibrio alkaliphilus AHT2 chromosome, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfurivibrio | ||
| 14 | gi|297567992|ref|NC_014216.1| | 80.52 | 77 | 14 | 1 | 1 | 76 | 3026873 | 3026797 | 2e-11 | 66.6 | Desulfurivibrio alkaliphilus AHT2 chromosome, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfurivibrio | ||
| 15 | gi|297567992|ref|NC_014216.1| | 75.00 | 76 | 19 | 0 | 1 | 76 | 279684 | 279609 | 5e-10 | 61.8 | Desulfurivibrio alkaliphilus AHT2 chromosome, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfurivibrio | ||
| 16 | gi|297567992|ref|NC_014216.1| | 77.46 | 71 | 15 | 1 | 7 | 76 | 428594 | 428664 | 1e-07 | 53.9 | Desulfurivibrio alkaliphilus AHT2 chromosome, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfurivibrio | ||
| 17 | gi|297567992|ref|NC_014216.1| | 77.55 | 49 | 11 | 0 | 28 | 76 | 2559194 | 2559242 | 8e-05 | 44.4 | Desulfurivibrio alkaliphilus AHT2 chromosome, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfurivibrio | ||
| 18 | gi|224367124|ref|NC_012108.1| | 77.63 | 76 | 17 | 0 | 1 | 76 | 1954701 | 1954626 | 6e-12 | 68.2 | Desulfobacterium autotrophicum HRM2 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfobacterium | ||
| 19 | gi|224367124|ref|NC_012108.1| | 80.52 | 77 | 14 | 1 | 1 | 76 | 3727655 | 3727579 | 2e-11 | 66.6 | Desulfobacterium autotrophicum HRM2 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfobacterium | ||
| 20 | gi|224367124|ref|NC_012108.1| | 79.22 | 77 | 15 | 1 | 1 | 76 | 2743749 | 2743825 | 2e-10 | 63.4 | Desulfobacterium autotrophicum HRM2 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfobacterium | ||
| 21 | gi|224367124|ref|NC_012108.1| | 74.03 | 77 | 19 | 1 | 1 | 76 | 1999697 | 1999621 | 1e-06 | 50.7 | Desulfobacterium autotrophicum HRM2 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfobacterium | ||
| 22 | gi|224367124|ref|NC_012108.1| | 76.92 | 52 | 12 | 0 | 7 | 58 | 3727745 | 3727694 | 3e-05 | 46.0 | Desulfobacterium autotrophicum HRM2 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfobacterium | ||
| 23 | gi|224367124|ref|NC_012108.1| | 70.67 | 75 | 21 | 1 | 3 | 76 | 3972027 | 3971953 | 8e-04 | 41.2 | Desulfobacterium autotrophicum HRM2 chromosome, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfobacterium | ||
| 24 | gi|408417460|ref|NC_018645.1| | 80.52 | 77 | 14 | 1 | 1 | 76 | 3565181 | 3565105 | 2e-11 | 66.6 | Desulfobacula toluolica Tol2, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfobacula | ||
| 25 | gi|408417460|ref|NC_018645.1| | 76.32 | 76 | 18 | 0 | 1 | 76 | 2107215 | 2107140 | 5e-11 | 65.0 | Desulfobacula toluolica Tol2, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfobacula | ||
| 26 | gi|408417460|ref|NC_018645.1| | 77.92 | 77 | 16 | 1 | 1 | 76 | 3770213 | 3770137 | 1e-09 | 60.2 | Desulfobacula toluolica Tol2, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfobacula | ||
| 27 | gi|408417460|ref|NC_018645.1| | 75.32 | 77 | 18 | 1 | 1 | 76 | 2159789 | 2159865 | 1e-07 | 53.9 | Desulfobacula toluolica Tol2, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfobacula | ||
| 28 | gi|408417460|ref|NC_018645.1| | 73.68 | 76 | 19 | 1 | 1 | 76 | 4085605 | 4085679 | 3e-06 | 49.1 | Desulfobacula toluolica Tol2, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfobacula | ||
| 29 | gi|408417460|ref|NC_018645.1| | 73.68 | 57 | 15 | 0 | 20 | 76 | 4081483 | 4081427 | 8e-05 | 44.4 | Desulfobacula toluolica Tol2, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfobacula | ||
| 30 | gi|408417460|ref|NC_018645.1| | 72.73 | 55 | 15 | 0 | 7 | 61 | 4083126 | 4083072 | 8e-04 | 41.2 | Desulfobacula toluolica Tol2, complete genome | Desulfobacteraceae | Desulfobacula | ||
| 31 | gi|483988871|ref|NZ_KB893035.1| | 76.32 | 76 | 18 | 0 | 1 | 76 | 20930 | 21005 | 5e-11 | 65.0 | Desulfobacter curvatus DSM 3379 B147DRAFT_scaffold_22.23, whole genome shotgun sequence | Desulfobacteraceae | Desulfobacter | ||
| 32 | gi|389578211|ref|NZ_CM001488.1| | 76.32 | 76 | 18 | 0 | 1 | 76 | 3219396 | 3219321 | 5e-11 | 65.0 | Desulfobacter postgatei 2ac9 chromosome, whole genome shotgun sequence | Desulfobacteraceae | Desulfobacter | ||
| 33 | gi|389578211|ref|NZ_CM001488.1| | 75.32 | 77 | 18 | 1 | 1 | 76 | 2381132 | 2381208 | 1e-07 | 53.9 | Desulfobacter postgatei 2ac9 chromosome, whole genome shotgun sequence | Desulfobacteraceae | Desulfobacter | ||
| 34 | gi|389578211|ref|NZ_CM001488.1| | 74.03 | 77 | 19 | 1 | 1 | 76 | 2940867 | 2940943 | 1e-06 | 50.7 | Desulfobacter postgatei 2ac9 chromosome, whole genome shotgun sequence | Desulfobacteraceae | Desulfobacter | ||
| 35 | gi|389578211|ref|NZ_CM001488.1| | 72.37 | 76 | 20 | 1 | 1 | 76 | 2637563 | 2637489 | 3e-05 | 46.0 | Desulfobacter postgatei 2ac9 chromosome, whole genome shotgun sequence | Desulfobacteraceae | Desulfobacter | ||
| 36 | gi|451945650|ref|NC_020304.1| | 79.22 | 77 | 15 | 1 | 1 | 76 | 2669081 | 2669005 | 2e-10 | 63.4 | Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfocapsa | ||
| 37 | gi|451945650|ref|NC_020304.1| | 76.06 | 71 | 16 | 1 | 7 | 76 | 3835692 | 3835622 | 1e-06 | 50.7 | Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfocapsa | ||
| 38 | gi|451945650|ref|NC_020304.1| | 78.85 | 52 | 11 | 0 | 16 | 67 | 935382 | 935331 | 3e-06 | 49.1 | Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfocapsa | ||
| 39 | gi|451945650|ref|NC_020304.1| | 70.27 | 74 | 22 | 0 | 3 | 76 | 1404585 | 1404658 | 3e-06 | 49.1 | Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfocapsa | ||
| 40 | gi|451945650|ref|NC_020304.1| | 72.97 | 74 | 19 | 1 | 4 | 76 | 2355577 | 2355504 | 3e-05 | 46.0 | Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfocapsa | ||
| 41 | gi|451945650|ref|NC_020304.1| | 77.05 | 61 | 13 | 1 | 7 | 66 | 269224 | 269164 | 8e-05 | 44.4 | Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfocapsa | ||
| 42 | gi|451945650|ref|NC_020304.1| | 71.43 | 77 | 21 | 1 | 1 | 76 | 2046242 | 2046318 | 8e-05 | 44.4 | Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfocapsa | ||
| 43 | gi|451945650|ref|NC_020304.1| | 72.00 | 75 | 20 | 1 | 3 | 76 | 2136951 | 2136877 | 8e-05 | 44.4 | Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfocapsa | ||
| 44 | gi|451945650|ref|NC_020304.1| | 72.00 | 75 | 20 | 1 | 3 | 76 | 3693189 | 3693263 | 8e-05 | 44.4 | Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfocapsa | ||
| 45 | gi|451945650|ref|NC_020304.1| | 72.00 | 75 | 20 | 1 | 3 | 76 | 3985606 | 3985680 | 8e-05 | 44.4 | Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfocapsa | ||
| 46 | gi|451945650|ref|NC_020304.1| | 70.67 | 75 | 21 | 1 | 3 | 76 | 2297952 | 2298026 | 8e-04 | 41.2 | Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfocapsa | ||
| 47 | gi|320352146|ref|NC_014972.1| | 76.62 | 77 | 17 | 1 | 1 | 76 | 500182 | 500106 | 1e-08 | 57.1 | Desulfobulbus propionicus DSM 2032 chromosome, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfobulbus | ||
| 48 | gi|320352146|ref|NC_014972.1| | 76.62 | 77 | 17 | 1 | 1 | 76 | 3709987 | 3709911 | 1e-08 | 57.1 | Desulfobulbus propionicus DSM 2032 chromosome, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfobulbus | ||
| 49 | gi|320352146|ref|NC_014972.1| | 72.73 | 77 | 20 | 1 | 1 | 76 | 98474 | 98550 | 9e-06 | 47.5 | Desulfobulbus propionicus DSM 2032 chromosome, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfobulbus | ||
| 50 | gi|320352146|ref|NC_014972.1| | 72.73 | 77 | 20 | 1 | 1 | 76 | 508573 | 508649 | 9e-06 | 47.5 | Desulfobulbus propionicus DSM 2032 chromosome, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfobulbus | ||
| 51 | gi|320352146|ref|NC_014972.1| | 67.57 | 74 | 24 | 0 | 3 | 76 | 864278 | 864351 | 3e-04 | 42.8 | Desulfobulbus propionicus DSM 2032 chromosome, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfobulbus | ||
| 52 | gi|483988148|ref|NZ_KB892968.1| | 75.32 | 77 | 18 | 1 | 1 | 76 | 721 | 645 | 1e-07 | 53.9 | Desulfobacter curvatus DSM 3379 B147DRAFT_scaffold_16.17, whole genome shotgun sequence | Desulfobacteraceae | Desulfobacter | ||
| 53 | gi|51243852|ref|NC_006138.1| | 75.32 | 77 | 18 | 1 | 1 | 76 | 1046821 | 1046897 | 1e-07 | 53.9 | Desulfotalea psychrophila LSv54, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfotalea | ||
| 54 | gi|51243852|ref|NC_006138.1| | 75.32 | 77 | 18 | 1 | 1 | 76 | 1172018 | 1171942 | 1e-07 | 53.9 | Desulfotalea psychrophila LSv54, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfotalea | ||
| 55 | gi|51243852|ref|NC_006138.1| | 74.03 | 77 | 19 | 1 | 1 | 76 | 3396342 | 3396266 | 1e-06 | 50.7 | Desulfotalea psychrophila LSv54, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfotalea | ||
| 56 | gi|51243852|ref|NC_006138.1| | 74.03 | 77 | 19 | 1 | 1 | 76 | 3403959 | 3403883 | 1e-06 | 50.7 | Desulfotalea psychrophila LSv54, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfotalea | ||
| 57 | gi|51243852|ref|NC_006138.1| | 78.85 | 52 | 11 | 0 | 16 | 67 | 721294 | 721243 | 3e-06 | 49.1 | Desulfotalea psychrophila LSv54, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfotalea | ||
| 58 | gi|51243852|ref|NC_006138.1| | 70.67 | 75 | 21 | 1 | 3 | 76 | 694795 | 694721 | 8e-04 | 41.2 | Desulfotalea psychrophila LSv54, complete genome | Desulfobulbaceae | Desulfotalea | ||
| 59 | gi|483989623|ref|NZ_KB893101.1| | 73.68 | 76 | 19 | 1 | 1 | 76 | 99588 | 99662 | 3e-06 | 49.1 | Desulfobacter curvatus DSM 3379 B147DRAFT_scaffold_7.8, whole genome shotgun sequence | Desulfobacteraceae | Desulfobacter |
Таблица 4. Данные о результатах запуска BLAST с различными алгоритмами для поиска гомологов tRNA Desulfatibacillum alkenivorans по базе данных RefSeq. В таблице представлены все найденные с ограничением e-value 0.001 хиты и их свойства.
| Алгоритм | к-во находок гомологов(некоторые находки паралогичны друг другу) | |
| megablast | 0 (найдена исходная последовательность) | |
| blastn (стандартный) | 24 | |
| blastn (с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1) | 54 | |
Таблица 5. Результаты Таблицы 4.
Как видно из Таблицы 5 при переходе от megablast к blastn (а от него к blastn ( с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1 ) становится возможным найти более далекие (c меньшим identity) гомологичные последовательности (но с большей затратой вычислительных ресурсов)
Сравнение программ BLASTN и MegaBLAST
| Алгоритм | к-во семейств | семейство | к-во родов в семействе | род |
| megablast | 1 | Desulfobacteraceae | 1 | Desulfatibacillum |
| blastn (стандартный) | 2 | Desulfobacteraceae | 4 | Desulfobacter |
| Desulfobacterium | ||||
| Desulfobacula | ||||
| Desulfococcus | ||||
| Desulfobulbaceae | 4 | Desulfobulbus | ||
| Desulfocapsa | ||||
| Desulfotalea | ||||
| Desulfurivibrio | ||||
| blastn(с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1) | 2 | Desulfobacteraceae | 5 | Desulfatibacillum |
| Desulfobacter | ||||
| Desulfobacterium | ||||
| Desulfobacula | ||||
| Desulfococcus | ||||
| Desulfobulbaceae | 4 | Desulfobulbus | ||
| Desulfocapsa | ||||
| Desulfotalea | ||||
| Desulfurivibrio |
Таблица 6. Сравнение результатов поиска.
Как видно из Таблицы 6 и из оценки длины выравниваний в Таблице 4, при переходе от более строгого алгоритма megablast к blastn повышается филогенетическое разнообразие среди найденных последовательностей (т.к. алгоритму поиска удается их "зацепить"), и при этом возрастает длина выравнивания, т.к при ослаблении строгости более гибко обрабатываются края выравнивания.