Лого сайта
Геномные браузеры

UCSC

При помощи сервиса UCSC получены различные данные о белке человека GUSP1_HUMAN, имеющего название гена (являющегося псевдогеном) GUSBP1. Данные представлены в Таблице 1. Устройство гена представлено на Рисунке 1.

короткое имя гена (точнее псевдогена) GUSBP1
полное имя гена (точнее псевдогена) Homo sapiens glucuronidase, beta pseudogene 1 (GUSBP1)
на какой цепи закодирован +
в какой хромосоме находится в 5-ой
к каким плечу и полосе принадлежит участок chr5 (p14.3)
координаты гена(в среднем, т.к. различные варианты транскрипции имеют немного разные координаты) в последовательности хромосомы chr5:21,459,589-21,497,305
сколько альтернативных продуктов закодировано в гене 3 альтернативных транскрипта (предсказаны ещё 2, но они, в их текущем виде, даже теоретически не могут порождать белки)
вариант сплайсинга 1, координаты chr5:21,459,589-21,589,481 129,893 bp
вариант сплайсинга 1, число экзонов 5
вариант сплайсинга 1, длина продукта 103 aa
вариант сплайсинга 2, координаты chr5:21,459,589-21,471,090 11,502 bp
вариант сплайсинга 2, число экзонов 4
вариант сплайсинга 2, длина продукта 120 aa
вариант сплайсинга 3, координаты chr5:21,459,589-21,497,305 37,717 bp
вариант сплайсинга 3, число экзонов 6
вариант сплайсинга 3, длина продукта 182 aa

Таблица 1. Устройство гена (псевдогена) GUSBP1.

Рис. 1 Графическое изображение окрестности гена (псевдогена) GUSBP1,на ней представлены:
гены USCS и RefSeq (USCS Genes и RefSeq Genes)
метилирование ДНК (ENC_DNA_Methylation)
консервативность последовательности среди млекопитающих (Conservation)
полиморфизмы (Common SNPs).

Ensembl

При помощи сервиса Ensembl было проведено выравнивание гена человека GUSBP1 и гомогоичным геном шимпанзе. Результат выравнивания сохранен в fasta-формате/

Сравнение данных генов представлено в Таблице 2.

число различий, выраженное в количестве замен на 100 пар оснований (мера эволюционного расстояния) 1.54
суммарное число различных полиморфизмов в гене, по данным сервиса Enseblse 10175

Таблица 2. Данные гена (псевдогена) GUSBP1 и его выравнивания.

По результатам данных из Таблицы 2 можно сделать вывод о том что этот ген не так далек от гомологичного гена у шимпанзе (судя по эволюционному растоянию), однако при этом обладает довольно большим к-вом полиморфизмов,что не удивительно для псевдогенов, которые потеряли свою основную функцию, но сохраняются в геноме.

NCBI Map Viewer

Участок генома человека, в котором содержитя ген GUSBP1 был просмотрен с помощью геномного браузера NCBI Map Viewer. Вид этого участка представлен на Рисунке 2.

Рис. 2 Представление участка человеческого генома с геном GUSBP1 в геномном браузере NCBI Map Viewer.

Этот геномный браузер имеет вертикальное представление генома, показ суммарной информации о текущем просматриваемом участке.
Но самое главное- прямая интеграция со всеми остальными сервисами NCBI, выражающаяся в простой для пользователья возможности воспользоваться в графическом интерфейсте различными группами программ ncbi, такими как: семейство программ BLAST, данные по таксономии из семейства программ\сервисов Taxonomy, а так же множества жругих. Это гарантирует отсутствие ошибок в (или самой) конвертации между форматами данных различных сервисов.